有95个input.fa，命名都是样本名_trinity.fa，95个需要提取的序列名称的list文件，命名都是样本名_new_grep_trinity.list，Linux服务器上怎么用seqtk subseq函数

可以使用 shell 脚本语言来编写一个 for 循环，实现读取 95 个 `*_trinity.fa` 和 `*_new_grep_trinity.list` 文件，并调用 `seqtk subseq` 函数提取序列。具体实现方法如下：

#!/bin/bash

# 待处理的序列列表文件名的后缀
seqs_suffix="_new_grep_trinity.list"

# 循环处理多个 input.fa 和 seqs.list 文件
for input_file in *_trinity.fa; do
  # 提取样本名
  sample_name=$(echo "$input_file" | sed 's/_trinity.fa//g')
  
  # 构造当前需要处理的文件名
  seqs_file="${sample_name}${seqs_suffix}"
  
  # 判断输入文件和序列列表文件是否存在
  if [[ -f "$input_file" && -f "$seqs_file" ]]; then
    # 执行 seqtk subseq 命令提取序列
    seqtk subseq "$input_file" "$seqs_file" > "${sample_name}_output.fa"
  fi
done

上述脚本中，使用通配符 `*_trinity.fa` 匹配所有以 `_trinity.fa` 结尾的文件名，从而读取 95 个输入文件。在每次循环中，使用 `sed` 命令提取样本名，再构造序列列表文件名。在执行命令之前，先判断当前输入文件和序列列表文件是否存在，避免出现文件不存在的错误。

如果有需要，可以根据实际情况修改输入文件名、序列列表文件名后缀和输出文件名等参数。