Trinity --seqType fq --single reads.fq --max_memory 10G at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 919是啥意思
时间: 2023-08-12 08:09:13 浏览: 46
这是一个错误信息,意思是在运行 Trinity 软件时出现了问题。具体来说,它告诉我们:
1. 错误出现在 Trinity 软件的第 919 行;
2. 提供了运行 Trinity 时使用的参数,包括 `--seqType`、`--single` 和 `--max_memory`;
3. 错误原因可能是内存不足,因为 `--max_memory` 参数设置为了 10G。
要解决这个问题,可以尝试减小 `--max_memory` 参数的值,或者增加系统可用的内存资源。
相关问题
Error, not recognizing read name formatting: [S250028145L1C001R00100001196] If your data come from SRA, be sure to dump the fastq file like so: SRA_TOOLKIT/fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra Error, cmd: seqtk-trinity seq -A <(gunzip -c /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz) >> single.fa died with ret 512 at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insilico_read_normalization.pl line 788. Error, cmd: /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insilico_read_normalization.pl --seqType fq --JM 100G --max_cov 200 --min_cov 1 --CPU 8 --output /home/DuYD/PRACTICE/003_Trinity/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/trinity_out_dir/insilico_read_normalization --max_CV 10000 --single /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz died with ret 512 at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 2745. main::process_cmd("/home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insi"...) called at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 3295 main::normalize("/home/DuYD/PRACTICE/003_Trinity/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149"..., 200, ARRAY(0x561ef13331e0)) called at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 3238 main::run_normalization(200, ARRAY(0x561ef13331e0)) called at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 1355这个报错是怎么回事
这是一个报错信息,意思是在运行 Trinity 软件时出现了问题。具体来说,它告诉我们:
1. 出现了一个不可识别的读名格式错误,读名为 `[S250028145L1C001R00100001196]`;
2. 建议如果数据来自 SRA 数据库,需要使用 SRA Toolkit 中的 `fastq-dump` 工具,命令为 `SRA_TOOLKIT/fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra`;
3. 提供了两个命令行报错信息,分别是 `seqtk-trinity seq -A` 和 `insilico_read_normalization.pl`;
4. `seqtk-trinity seq -A` 命令行报错可能是由于读名格式错误导致;
5. `insilico_read_normalization.pl` 命令行报错可能是由于内存不足或参数设置错误导致。
要解决这个问题,可以尝试重新处理数据的读名格式,或者按照建议使用 `fastq-dump` 工具重新生成 fastq 文件。同时,也可以尝试调整参数,如增加系统可用的内存资源、减小 `--max_cov` 参数的值等。
Sunday, June 11, 2023: 03:11:37 CMD: /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insilico_read_normalization.pl --seqType fq --JM 10G --max_cov 200 --min_cov 1 --CPU 2 --output /home/DuYD/PRACTICE/003_Trinity/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/trinity_out_dir/insilico_read_normalization --max_CV 10000 --single /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz -prepping seqs CMD: seqtk-trinity seq -A <(gunzip -c /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz) >> single.fa里CMD是啥
这是一段命令行代码,用于执行Trinity软件的insilico read normalization步骤和序列预处理步骤。具体来说,这段代码会对一个FASTQ文件进行insilico read normalization,将结果输出到指定的目录,并将输出文件进行序列预处理,生成一个FASTA文件。其中,“--seqType fq”指定输入文件类型为FASTQ,“--JM 10G”指定程序最大使用内存为10G,“--max_cov 200”指定最大覆盖度为200,“--min_cov 1”指定最小覆盖度为1,“--CPU 2”指定程序最大使用CPU数为2,“--output”指定输出目录,“--max_CV 10000”指定最大CV值为10000,“--single”指定输入文件路径。而“seqtk-trinity seq -A”命令则是用于将FASTQ文件转换为FASTA格式,其中“-A”选项指定输出时将序列名和序列合并成一行。最后,“<(gunzip -c /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz)”表示对gzip压缩的FASTQ文件进行解压缩并读取。