Trinity min_kmer_cov
时间: 2023-06-28 08:06:26 浏览: 52
Trinity是一个广泛使用的转录组组装软件。min_kmer_cov是在Trinity组装过程中用于过滤低频kmer的参数。具体来说,它是指在Trinity组装时,只有那些在读取中至少出现min_kmer_cov次的k-mer才会被保留。min_kmer_cov的默认值为2,但在某些情况下,将其设置为更高的值可能会改善组装的质量。这个参数的选择取决于所使用的数据集的大小和质量,以及组装的目的。
相关问题
Sunday, June 11, 2023: 03:11:37 CMD: /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insilico_read_normalization.pl --seqType fq --JM 10G --max_cov 200 --min_cov 1 --CPU 2 --output /home/DuYD/PRACTICE/003_Trinity/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/trinity_out_dir/insilico_read_normalization --max_CV 10000 --single /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz -prepping seqs CMD: seqtk-trinity seq -A <(gunzip -c /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz) >> single.fa里CMD是啥
这是一段命令行代码,用于执行Trinity软件的insilico read normalization步骤和序列预处理步骤。具体来说,这段代码会对一个FASTQ文件进行insilico read normalization,将结果输出到指定的目录,并将输出文件进行序列预处理,生成一个FASTA文件。其中,“--seqType fq”指定输入文件类型为FASTQ,“--JM 10G”指定程序最大使用内存为10G,“--max_cov 200”指定最大覆盖度为200,“--min_cov 1”指定最小覆盖度为1,“--CPU 2”指定程序最大使用CPU数为2,“--output”指定输出目录,“--max_CV 10000”指定最大CV值为10000,“--single”指定输入文件路径。而“seqtk-trinity seq -A”命令则是用于将FASTQ文件转换为FASTA格式,其中“-A”选项指定输出时将序列名和序列合并成一行。最后,“<(gunzip -c /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz)”表示对gzip压缩的FASTQ文件进行解压缩并读取。
for i in `cat /home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list`
这段代码是一个 shell 脚本中的 for 循环语句,用于遍历 `/home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list` 文件中的每一行内容,并将其赋值给变量 `i`。
具体来说,该语句使用反引号 `` `` 将一个命令 `cat /home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list` 的输出作为循环的输入。这个命令的作用是将 `/home/IrisYe/20211131_Shandong_Tick/003_Trinity/grep_trinity.list/${j}grep_trinity.list` 文件的内容输出到标准输出流中。反引号 `` `` 将这个输出作为字符串返回,并赋值给循环变量 `i`。
因此,这个 for 循环的作用是遍历 `${j}grep_trinity.list` 文件中的每一行内容,并将其赋值给变量 `i`,以便后续进行处理。