blastx::Sulfolobus.sp..B1::100::blastn::Diabrotica.undecimpunctata.virus.1::95.833啥意思

时间: 2023-08-15 17:04:06 浏览: 136
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Trinotate.github.io:有关Trinotate的Web文档

这是一个 Blastx 比对命令，其中： - 比对的查询序列为 Sulfolobus.sp..B1 序列库中的第 100 个序列 - 比对的目标序列为 Diabrotica.undecimpunctata.virus.1 序列库中的第 95.833 个序列 - 比对算法为 blastn，即使用核酸序列进行比对 Blastx 比对是将蛋白质序列作为查询序列，对目标序列库进行核酸序列比对。因此这个命令的含义是在 Sulfolobus.sp..B1 序列库中选择第 100 个蛋白质序列，与 Diabrotica.undecimpunctata.virus.1 序列库中第 95.833 个核酸序列进行比对。
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设置一个工作环境，循环遍历这个工作环境中每个以_rename.csv结尾的文件，提取文件的name列和ID..Name..blastx..virus_species_X..pident_X..blastn..virus_species_N..pident_N列，对应生成一个只有两列的csv文件，并重新命名，用r语言

df [, c("name", "ID..Name..blastx..virus_species_X..pident_X..blastn..virus_species_N..pident_N")] # 新文件名 new_file_name (gsub("_rename.csv", "", filename), "_extracted.csv") # 将结果保存到新...

r中设置工作环境为/Users/imac/Desktop/summary_process，读取一个csv文件，文件地址为/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv，paste函数把文件的第一列、第三列、第六列、第十列、第九列、第十二列粘贴在一起形成一个新列，粘贴格式为第一列::第三列::blastx::第六列::第十列::blastn::第九列::第十二列，再用do包的Replace函数将csv文件中的空格用符号.代替，并输出一个新文件，帮我写一下代码

paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") }) # 使用gsub函数将空格替换为. text (" ", ".", text) # 将文本转化为数据框 new_data <- data.frame(text) # 写入新文件 write....

> library(Biostrings) > > # 读取 new_list.csv 文件 > new_list <- read.csv("/Users/imac/Desktop/new_list.csv", header = TRUE) > > # 循环处理每个样本 > for (i in 1:nrow(csv_data)) { + sample <- csv_data[i, "Sample"] + old_name <- csv_data[i, "OldName"] + new_name <- csv_data[i, "NewName"] + + # 读取FA文件 + fa_file <- readDNAStringSet("/Users/imac/Desktop/fa/JN_1901_subseq.fa") + + # 根据第一列的内容筛选子集 + subset <- fa_file[names(fa_file) %in% sample] + + # 为FA文件重新命名 + new_names <- gsub(old_name, new_name, names(subset)) + + names(subset) <- new_names + # 保存更新后的FA文件 + writeXStringSet(subset, file = paste0("/Users/imac/Desktop/fa/", new_name, ".fa"), format = "fasta") + } Error in .Call2("new_output_filexp", filepath, append, compress, compression_level, : cannot open file '/Users/imac/Desktop/fa/JN_1901::TRINITY_DN35394_c0_g1_i2::blastx::N/A::55.8::blastn::NA::NA.fa'根据这个报错 改一下这段代码

根据报错信息，我们可以看出是在尝试打开文件 '/Users/imac/Desktop/fa/JN_1901::TRINITY_DN35394_c0_g1_i2::blastx::N/A::55.8::blastn::NA::NA.fa' 时出错了。这个文件名包含了多个冒号和双冒号，导致系统无法正确...

r中设置工作环境为/Users/imac/Desktop/summary_process，读取一个csv文件，文件地址为/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv，paste函数把文件的第4列、第5列、第25列、第17列、第26列、第10列粘贴在一起，在右边加入一个新列，csv原本的内容不删除，粘贴格式为第4列内容::第5列内容::blastx::第25列内容::第17列内容::blastn::第26列内容::第17列内容，再用do包的Replace函数将csv文件中的空格用符号.代替，并输出一个新文件，帮我写一下代码

paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") }) # 使用gsub函数将空格替换为. text (" ", ".", text) # 将文本转化为数据框，并加入新列 new_data (data, text) # 写入新文件 ...

r中设置工作环境为/Users/imac/Desktop/summary_process，读取一个csv文件，文件地址为/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv，paste函数把文件的第4列、第5列、第25列、第17列、第26列、第10列粘贴在一起，注意这些不是列名，在右边加入一个新列，csv原本的内容不删除，粘贴格式为第4列内容::第5列内容::blastx::第25列内容::第17列内容::blastn::第26列内容::第17列内容，再用do包的Replace函数将csv文件中的空格用符号.代替，所有N/A用NA代替，并输出一个新文件，帮我写一下代码

paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") }) # 添加新列 data$new_col # 将空格和N/A替换 data (data, " ", ".", cols = colnames(data)) data (data, "N/A", NA, cols = ...

N_allfiles <- list.files(path="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/",pattern ="*_blastout_rename.txt") N_Total.data <- data.frame() for (i in N_allfiles){ N_path <- paste(path="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/", i, sep="") N_A <- read.table(N_path,sep="") N_B <- strsplit(i,"_") i <- N_B[[1]][1] N_A$Sample <- i N_Total.data <- rbind(N_Total.data, N_A) } write.csv(N_Total.data, file ="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/SampleID_blastN.csv",row.names = F)这段代码什么意思

1. 使用list.files函数获取/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/文件夹下所有名字以"_blastout_rename.txt"结尾的文件名，保存到N_allfiles变量中。 2. 创建一个空数据框N_Total.data。 3. 使用for循环遍历N_...

library(data.table) > > # 设置工作目录 > setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process") > > # 读取csv文件 > data <- fread("output_summary15.csv") > > # 选择需要的列 > cols <- c("V1", "V2", "V24", "V15", "V3.y", "V7") > selected_data <- data[, ..cols] > > # 将列粘在一起 > text <- apply(selected_data, 1, function(x) { + paste(x["V1"], x["V2"], "blastx", x["V24"], x["V15"], "blastn", x["V3.y"], x["V7"], sep = "::")) Error: unexpected ')' in: "text <- apply(selected_data, 1, function(x) { paste(x["V1"], x["V2"], "blastx", x["V24"], x["V15"], "blastn", x["V3.y"], x["V7"], sep = "::"))" >

这个错误是因为在paste()函数中有多余的)。... paste(x["V1"], x["V2"], "blastx", x["V24"], x["V15"], "blastn", x["V3.y"], x["V7"], sep = "::") }) 这将确保函数调用正确，并将结果存储在text中。

> # 设置工作目录 > setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process") > > # 读取csv文件 > data <- fread("output_summary15.csv") > > # 选择需要的列 > cols <- c("V1", "V2", "V24", "V15", "V3.y", "V7") > selected_data <- data[, ..cols] > > # 将列粘在一起 > text <- apply(selected_data, 1, function(x) { + paste(x[V1], x[V2], "blastx", x[V24], x[V15], "blastn", x[V3.y], x[V7], sep = "::") + }) Error in eval(quote(list(...)), env) : object 'V1' not found

这个错误是因为在paste()函数中使用了未定义的变量V1。因为x是一个向量，它不支持...paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") 这将确保正确选择列并将它们粘合在一起。

TRINITY_DN43755_c6_g1_i1 len=215 path=[0:0-214] 215 WP_016980786.1 91.5 47 147 7 3.55e-16 76.3 83554;1112251 WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci] WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci]<>EPJ30284.1 retrovirus-related Pol polyLINE-1 domain protein, partial [Chlamydia psittaci 99DC5] Chlamydia psittaci;Chlamydia psittaci 99DC5 这个blastx的结果代表什么

这个blastx的结果代表查询序列TRINITY_DN43755_c6_g1_i1与参考数据库中的WP_016980786.1序列匹配，匹配度为91.5%，匹配长度为47个氨基酸，查询序列的起始位置为7，终止位置为147，E值为3.55e-16，比特分数为76.3。...

对rawdata依次进行afterqc、hisat2、trinity、blastn、blastx操作的目的是什么

4. BLASTN/BLASTX：将组装好的转录本序列与已知的基因序列或蛋白质序列进行比对，以确定已知基因序列或蛋白质序列与RNA样本中的转录本的相似性和同源性，从而帮助确定RNA样本中的基因表达情况和转录本结构。

diamond blastx 报错，Error: Error opening temporary file temp/diamond-tmp-4pCKfT

diamond blastx 报错，提示 "Error opening temporary file temp/diamond-tmp-4pCKfT"，这通常是由于在执行过程中，程序需要创建临时文件但无法访问指定目录或者没有权限在该目录下创建文件所导致的。具体来说，这...

SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/ Diamond_Refer="/home/Reference_database/Diamond_blastx_nr/Diamond_nr.dmnd" Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} source activate yerunze_diamond diamond blastx -d ${Diamond_Refer} -p 16 -q ${Diamond_file_in} -o ${SampleID}_blastx --outfmt 6 qtitle qlen sseqid pident length qstart qend evalue bitscore staxids stitle salltitles sscinames -e 1e-5 -k 1 -b5 -c1这段代码什么意思

这是一段基于Diamond软件进行blastx比对的代码。Diamond是一款高效的序列比对软件，可以在较短时间内完成大规模序列比对任务。 具体来说，这段代码的作用是对输入的JN_1901_trinity.fa文件进行blastx比对，比对的...

设置一个工作环境/Users/imac/Desktop/left_join,第一个csv【1】output_summary.csv,和第二个csv，fullnamelineage.csv,根据第一列的共同变量进行left_join,输出文件命名为blastx

你可以按照以下步骤设置工作环境： 1. 创建一个名为 left_...最后，我们使用 write.csv() 函数将结果保存为名为 blastx.csv 的文件。注意，row.names = FALSE 参数用于防止将行名称作为新的一列写入 CSV 文件中。

> result <- left_join(file1, file2, by = "ID") Error in left_join(): ! Input columns in x must be unique. ✖ Problem with ID. Run rlang::last_trace() to see where the error occurred. >

这个错误提示说明在进行 left_join 操作时，数据框中的某些...最后，我们使用 left_join() 函数将两个数据框根据 ID 列进行左连接操作后得到了结果，并使用 write.csv() 函数将结果保存为名为 blastx.csv 的文件。

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