blastx::Sulfolobus.sp..B1::100::blastn::Diabrotica.undecimpunctata.virus.1::95.833啥意思

时间: 2023-08-15 19:04:06 浏览: 139
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Trinotate.github.io:有关Trinotate的Web文档

这是一个 Blastx 比对命令，其中： - 比对的查询序列为 Sulfolobus.sp..B1 序列库中的第 100 个序列 - 比对的目标序列为 Diabrotica.undecimpunctata.virus.1 序列库中的第 95.833 个序列 - 比对算法为 blastn，即使用核酸序列进行比对 Blastx 比对是将蛋白质序列作为查询序列，对目标序列库进行核酸序列比对。因此这个命令的含义是在 Sulfolobus.sp..B1 序列库中选择第 100 个蛋白质序列，与 Diabrotica.undecimpunctata.virus.1 序列库中第 95.833 个核酸序列进行比对。
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df [, c("name", "ID..Name..blastx..virus_species_X..pident_X..blastn..virus_species_N..pident_N")] # 新文件名 new_file_name (gsub("_rename.csv", "", filename), "_extracted.csv") # 将结果保存到新...

r中设置工作环境为/Users/imac/Desktop/summary_process，读取一个csv文件，文件地址为/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv，paste函数把文件的第一列、第三列、第六列、第十列、第九列、第十二列粘贴在一起形成一个新列，粘贴格式为第一列::第三列::blastx::第六列::第十列::blastn::第九列::第十二列，再用do包的Replace函数将csv文件中的空格用符号.代替，并输出一个新文件，帮我写一下代码

paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") }) # 使用gsub函数将空格替换为. text (" ", ".", text) # 将文本转化为数据框 new_data <- data.frame(text) # 写入新文件 write....

> library(Biostrings) > > # 读取 new_list.csv 文件 > new_list <- read.csv("/Users/imac/Desktop/new_list.csv", header = TRUE) > > # 循环处理每个样本 > for (i in 1:nrow(csv_data)) { + sample <- csv_data[i, "Sample"] + old_name <- csv_data[i, "OldName"] + new_name <- csv_data[i, "NewName"] + + # 读取FA文件 + fa_file <- readDNAStringSet("/Users/imac/Desktop/fa/JN_1901_subseq.fa") + + # 根据第一列的内容筛选子集 + subset <- fa_file[names(fa_file) %in% sample] + + # 为FA文件重新命名 + new_names <- gsub(old_name, new_name, names(subset)) + + names(subset) <- new_names + # 保存更新后的FA文件 + writeXStringSet(subset, file = paste0("/Users/imac/Desktop/fa/", new_name, ".fa"), format = "fasta") + } Error in .Call2("new_output_filexp", filepath, append, compress, compression_level, : cannot open file '/Users/imac/Desktop/fa/JN_1901::TRINITY_DN35394_c0_g1_i2::blastx::N/A::55.8::blastn::NA::NA.fa'根据这个报错 改一下这段代码

根据报错信息，我们可以看出是在尝试打开文件 '/Users/imac/Desktop/fa/JN_1901::TRINITY_DN35394_c0_g1_i2::blastx::N/A::55.8::blastn::NA::NA.fa' 时出错了。这个文件名包含了多个冒号和双冒号，导致系统无法正确...

r中设置工作环境为/Users/imac/Desktop/summary_process，读取一个csv文件，文件地址为/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv，paste函数把文件的第4列、第5列、第25列、第17列、第26列、第10列粘贴在一起，在右边加入一个新列，csv原本的内容不删除，粘贴格式为第4列内容::第5列内容::blastx::第25列内容::第17列内容::blastn::第26列内容::第17列内容，再用do包的Replace函数将csv文件中的空格用符号.代替，并输出一个新文件，帮我写一下代码

paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") }) # 使用gsub函数将空格替换为. text (" ", ".", text) # 将文本转化为数据框，并加入新列 new_data (data, text) # 写入新文件 ...

r中设置工作环境为/Users/imac/Desktop/summary_process，读取一个csv文件，文件地址为/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv，paste函数把文件的第4列、第5列、第25列、第17列、第26列、第10列粘贴在一起，注意这些不是列名，在右边加入一个新列，csv原本的内容不删除，粘贴格式为第4列内容::第5列内容::blastx::第25列内容::第17列内容::blastn::第26列内容::第17列内容，再用do包的Replace函数将csv文件中的空格用符号.代替，所有N/A用NA代替，并输出一个新文件，帮我写一下代码

paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") }) # 添加新列 data$new_col # 将空格和N/A替换 data (data, " ", ".", cols = colnames(data)) data (data, "N/A", NA, cols = ...

N_allfiles <- list.files(path="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/",pattern ="*_blastout_rename.txt") N_Total.data <- data.frame() for (i in N_allfiles){ N_path <- paste(path="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/", i, sep="") N_A <- read.table(N_path,sep="") N_B <- strsplit(i,"_") i <- N_B[[1]][1] N_A$Sample <- i N_Total.data <- rbind(N_Total.data, N_A) } write.csv(N_Total.data, file ="/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/SampleID_blastN.csv",row.names = F)这段代码什么意思

1. 使用list.files函数获取/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/文件夹下所有名字以"_blastout_rename.txt"结尾的文件名，保存到N_allfiles变量中。 2. 创建一个空数据框N_Total.data。 3. 使用for循环遍历N_...

library(data.table) > > # 设置工作目录 > setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process") > > # 读取csv文件 > data <- fread("output_summary15.csv") > > # 选择需要的列 > cols <- c("V1", "V2", "V24", "V15", "V3.y", "V7") > selected_data <- data[, ..cols] > > # 将列粘在一起 > text <- apply(selected_data, 1, function(x) { + paste(x["V1"], x["V2"], "blastx", x["V24"], x["V15"], "blastn", x["V3.y"], x["V7"], sep = "::")) Error: unexpected ')' in: "text <- apply(selected_data, 1, function(x) { paste(x["V1"], x["V2"], "blastx", x["V24"], x["V15"], "blastn", x["V3.y"], x["V7"], sep = "::"))" >

这个错误是因为在paste()函数中有多余的)。... paste(x["V1"], x["V2"], "blastx", x["V24"], x["V15"], "blastn", x["V3.y"], x["V7"], sep = "::") }) 这将确保函数调用正确，并将结果存储在text中。

> # 设置工作目录 > setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process") > > # 读取csv文件 > data <- fread("output_summary15.csv") > > # 选择需要的列 > cols <- c("V1", "V2", "V24", "V15", "V3.y", "V7") > selected_data <- data[, ..cols] > > # 将列粘在一起 > text <- apply(selected_data, 1, function(x) { + paste(x[V1], x[V2], "blastx", x[V24], x[V15], "blastn", x[V3.y], x[V7], sep = "::") + }) Error in eval(quote(list(...)), env) : object 'V1' not found

这个错误是因为在paste()函数中使用了未定义的变量V1。因为x是一个向量，它不支持...paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::") 这将确保正确选择列并将它们粘合在一起。

TRINITY_DN43755_c6_g1_i1 len=215 path=[0:0-214] 215 WP_016980786.1 91.5 47 147 7 3.55e-16 76.3 83554;1112251 WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci] WP_016980786.1 hypothetical protein, partial [Chlamydia psittaci]<>EPJ30284.1 retrovirus-related Pol polyLINE-1 domain protein, partial [Chlamydia psittaci 99DC5] Chlamydia psittaci;Chlamydia psittaci 99DC5 这个blastx的结果代表什么

这个blastx的结果代表查询序列TRINITY_DN43755_c6_g1_i1与参考数据库中的WP_016980786.1序列匹配，匹配度为91.5%，匹配长度为47个氨基酸，查询序列的起始位置为7，终止位置为147，E值为3.55e-16，比特分数为76.3。...

对rawdata依次进行afterqc、hisat2、trinity、blastn、blastx操作的目的是什么

4. BLASTN/BLASTX：将组装好的转录本序列与已知的基因序列或蛋白质序列进行比对，以确定已知基因序列或蛋白质序列与RNA样本中的转录本的相似性和同源性，从而帮助确定RNA样本中的基因表达情况和转录本结构。

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SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/ Diamond_Refer="/home/Reference_database/Diamond_blastx_nr/Diamond_nr.dmnd" Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} source activate yerunze_diamond diamond blastx -d ${Diamond_Refer} -p 16 -q ${Diamond_file_in} -o ${SampleID}_blastx --outfmt 6 qtitle qlen sseqid pident length qstart qend evalue bitscore staxids stitle salltitles sscinames -e 1e-5 -k 1 -b5 -c1这段代码什么意思

这是一段基于Diamond软件进行blastx比对的代码。Diamond是一款高效的序列比对软件，可以在较短时间内完成大规模序列比对任务。 具体来说，这段代码的作用是对输入的JN_1901_trinity.fa文件进行blastx比对，比对的...

设置一个工作环境/Users/imac/Desktop/left_join,第一个csv【1】output_summary.csv,和第二个csv，fullnamelineage.csv,根据第一列的共同变量进行left_join,输出文件命名为blastx

你可以按照以下步骤设置工作环境： 1. 创建一个名为 left_...最后，我们使用 write.csv() 函数将结果保存为名为 blastx.csv 的文件。注意，row.names = FALSE 参数用于防止将行名称作为新的一列写入 CSV 文件中。

> result <- left_join(file1, file2, by = "ID") Error in left_join(): ! Input columns in x must be unique. ✖ Problem with ID. Run rlang::last_trace() to see where the error occurred. >

这个错误提示说明在进行 left_join 操作时，数据框中的某些...最后，我们使用 left_join() 函数将两个数据框根据 ID 列进行左连接操作后得到了结果，并使用 write.csv() 函数将结果保存为名为 blastx.csv 的文件。

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