R语言 lefse_subgroup 的用法
时间: 2024-10-14 13:03:13 浏览: 3
`lefse_subgroup` 是 `R` 语言中 `metagenomeseq` 包的一个函数,用于基于 LEfSe (Linear discriminant analysis Effect Size) 方法进行微生物群落差异分析,并进一步划分成不同的子组。LEfSE是一种常用的生物信息学工具,用于识别在两个或多个样本集之间显著不同的微生物物种或功能。
以下是基本的 `lefse_subgroup` 函数用法:
```r
# 首先,确保已安装并加载 metagenomeseq 和 vegan 包
install.packages("metagenomeseq")
install.packages("vegan")
library(metagenomeseq)
library(vegan)
# 假设你已经有了一个微生物测序数据(例如 OTU 表)和对应的样品标签数据(samples_data)
otu_table <- ... # 你的OTU表
samples_data <- ... # 包含子组标签的DataFrame
# 创建 metadata 数据框,通常包括子组变量和其他可能影响微生物组成的变量
metadata <- data.frame(samples_data$group_column, other_variables = samples_data[,-"group_column"])
# 计算差异 abundance
design_matrix <- model.matrix(~ group_column, data = metadata)
differences <- estimateDisp(otu_table, design_matrix)
# 使用 LEfSe 分析
lefse_result <- lefse(differences, metadata)
# 获取子组差异明显的微生物特征
subgroup_features <- lefse_subgroup(lefse_result, metadata, alpha_level = 0.05) # 可自定义显著性水平
# 查看结果
print(subgroup_features)
```
在这个过程中,`alpha_level` 参数是一个关键的统计显著性阈值,用来确定哪些特征在子组间有显著的差异。