python pdb文件合并

要合并多个pdb文件，可以使用PDBParser模块和MMCIFParser模块来读取pdb文件，然后使用Structure类的方法将它们合并。具体步骤如下：

1. 导入必要的模块：

from Bio.PDB import PDBParser, MMCIFParser, Selection, Superimposer

2. 创建一个空的Structure对象：

merged_structure = Structure.Structure("merged")

3. 读取每个pdb文件并将它们添加到merged_structure中：

parser = PDBParser()
structure1 = parser.get_structure("1", "1.pdb")
structure2 = parser.get_structure("2", "2.pdb")
merged_structure.add(structure1)
merged_structure.add(structure2)

4. 可以使用Selection模块选择需要合并的特定链或残基：

chain_A = Selection.unfold_entities(merged_structure["1"], "C")
chain_B = Selection.unfold_entities(merged_structure["2"], "C")

5. 可以使用Superimposer模块将两个结构体对齐：

superimposer = Superimposer()
superimposer.set_atoms(chain_A, chain_B)
superimposer.apply(merged_structure["2"].get_atoms())

6. 最后，可以将合并后的结构体写入一个新的pdb文件中：

io = PDBIO()
io.set_structure(merged_structure)
io.save("merged.pdb")