graph = nx.DiGraph() graph.add_nodes_from(example.dominoModules[i].nodes()) graph.add_edges_from(example.dominoModules[i].edges()) pos = nx.spring_layout(graph) plt.title(f'Bayesian Network Based On {example.dominoModules[i].get_roots()[0]}') nx.draw(graph, pos, with_labels=True, node_color='lightblue', node_size=2000, edge_color='gray', arrows=True) plt.show()改成使用multipartite_layout绘制

时间: 2024-04-17 14:26:45 浏览: 259
要使用`nx.multipartite_layout()`绘制贝叶斯网络图,您需要为每个节点指定层次。由于您没有提供具体的节点层次信息,我将提供一个示例代码,其中假设根节点在最上面,一级节点在根节点的下面,以此类推。请注意,您需要根据实际情况调整节点的层次和样式。 ```python import matplotlib.pyplot as plt import networkx as nx from pgmpy.readwrite import XMLBIFReader # 从XML文件中读取贝叶斯网络 reader = XMLBIFReader("network.xml") model = reader.get_model() # 创建一个空的有向图 G = nx.DiGraph() # 添加节点和层次信息 nodes = model.nodes() levels = {} for node in nodes: level = model.get_independencies(node).level() levels[node] = level G.add_node(node, level=level) # 添加边 G.add_edges_from(model.edges()) # 设置布局 pos = nx.multipartite_layout(G, subset_key="level", align="vertical") # 绘制图形 nx.draw(G, pos, with_labels=True, node_size=1000, node_color="lightblue", font_size=10) # 显示图形 plt.axis("off") plt.show() ``` 在这个示例中,我们首先从XML文件中读取贝叶斯网络模型,并创建一个空的有向图。然后,我们为每个节点添加层次信息,并将其作为节点属性存储在图中。接下来,我们添加边,然后使用`nx.multipartite_layout()`函数根据节点的层次信息设置节点的布局,使得根节点在最上面,一级节点在根节点的下面,以此类推。最后,使用`nx.draw()`函数绘制图形,并使用`plt.axis("off")`和`plt.show()`函数显示图形。 请注意,您需要将上述代码中的`"network.xml"`替换为您自己的贝叶斯网络模型的文件名或路径。此外,您可能需要根据实际情况调整节点大小、颜色、字体大小等参数以满足您的需求。
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import pandas as pd import numpy as np import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt # 读取Excel文件中的邻接矩阵 adjacency_matrix = pd.read_excel('output.xlsx', index_col=0) # 将邻接矩阵转换为numpy数组 adjacency_matrix = adjacency_matrix.to_numpy() # 创建有向图对象 G = nx.DiGraph(adjacency_matrix) def preprocess(G): p = 0 directedGraph = nx.DiGraph() for u in G.nodes(): for v in G.neighbors(u): if (v != u): propProb = G.number_of_edges(u, v) / G.degree(v) directedGraph.add_edge(u, v, pp=propProb) return directedGraph def simulate(G, seedNode, propProbability): newActive = True currentActiveNodes = seedNode.copy() newActiveNodes = set() activatedNodes = seedNode.copy() influenceSpread = len(seedNode) while newActive: for node in currentActiveNodes: for neighbor in G.neighbors(node): if neighbor not in activatedNodes: if G[node][neighbor]['pp'] > propProbability: newActiveNodes.add(neighbor) activatedNodes.append(neighbor) influenceSpread += len(newActiveNodes) if newActiveNodes: currentActiveNodes = list(newActiveNodes) newActiveNodes = set() else: newActive = False return influenceSpread def flipCoin(probability): return np.random.random() < probability # 可视化传播过程 def visualizePropagation(G, seedNode, propProbability): pos = nx.spring_layout(G) # 选择布局算法 labels = {node: node for node in G.nodes()} # 节点标签为节点名 colors = ['r' if node in seedNode else 'b' for node in G.nodes()] # 种子节点为红色,其他节点为蓝色 plt.figure(figsize=(10,6)) nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_color=colors) nx.draw_networkx_edges(G, pos) nx.draw_networkx_labels(G, pos, labels) plt.title('Propagation Visualization') plt.show() # 示例用法 seedNode = [7,36,17] propProbability = 0.7 directedGraph = preprocess(G) influenceSpread = simulate(directedGraph, seedNode, propProbability) print("Influence Spread:", influenceSpread) visualizePropagation(directedGraph, seedNode, propProbability)修改这个代码使得输出图形节点之间间隔合理能够看清

import pandas as pd import numpy as np import networkx as nx # 读取Excel文件中的邻接矩阵 adjacency_matrix = pd.read_excel('output.xlsx', index_col=0) # 将邻接矩阵转换为numpy数组 adjacency_matrix = adjacency_matrix.to_numpy() # 创建有向图对象 G = nx.DiGraph(adjacency_matrix) def preprocess(G): p = 0 directedGraph = nx.DiGraph() for u in G.nodes(): for v in G.neighbors(u): if (v != u): # propProb = G.number_of_edges(u, v) / G.in_degree(v) propProb = G.number_of_edges(u, v) / G.degree(v) directedGraph.add_edge(u, v, pp=propProb) # p += propProb # print(propProb) # print('平均阈值:', p/2939) return directedGraph def simulate(G, seedNode, propProbability): newActive = True currentActiveNodes = copy.deepcopy(seedNode) newActiveNodes = set() activatedNodes = copy.deepcopy(seedNode) # Biar ga keaktivasi 2 kali influenceSpread = len(seedNode) while (newActive): for node in currentActiveNodes: for neighbor in G.neighbors( node): # Harus dicek udah aktif apa belom, jangan sampe ngaktifin yang udah aktif if (neighbor not in activatedNodes): if (G[node][neighbor]['pp'] > propProbability): # flipCoin(propProbability) newActiveNodes.add(neighbor) activatedNodes.append(neighbor) influenceSpread += len(newActiveNodes) if newActiveNodes: currentActiveNodes = list(newActiveNodes) newActiveNodes = set() else: newActive = False # print("activatedNodes",len(activatedNodes),activatedNodes) return influenceSpread def flipCoin(probability): return random.random() < probability解释一下这个代码

import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt # 输入数据 locations = [ [125.330802,125.401931,125.326444,125.332284,125.322837,125.32563,125.334942,125.378548,125.386251,125.426883,125.42665,125.437111,125.453763,125.431396,125.430705,125.41968,125.437906,125.404171,125.385772,125.341942,125.341535,125.300812,125.307316,125.345642,125.331492,125.330322,125.284474,125.334851,125.30606,125.377211,125.381077,125.417041,125.41427,125.416371,125.432283,125.401676,125.403855,125.38582,125.426733,125.291], [43.917542,43.919075,43.905821,43.90266,43.900238,43.89703,43.888187,43.904508,43.892574,43.907904,43.896354,43.894605,43.889122,43.88774,43.882928,43.887149,43.8789,43.879647,43.883112,43.873763,43.861505,43.854652,43.876513,43.850479,43.833745,43.825044,43.812019,43.803154,43.793054,43.788869,43.824152,43.816805,43.801673,43.82893,43.83235,43.843713,43.854322,43.868372,43.871792,43.8306] ] num_flights = 4 flight_capacity = [10, 10, 10, 10] # 将坐标转化为图 G = nx.Graph() for i in range(len(locations[0])): G.add_node(i+1, pos=(locations[0][i], locations[1][i])) for i in range(len(locations[0])): for j in range(i+1, len(locations[0])): dist = ((locations[0][i]-locations[0][j])**2 + (locations[1][i]-locations[1][j])**2)**0.5 G.add_edge(i+1, j+1, weight=dist) # 添加起点和终点 start_node = len(locations[0])+1 end_node = len(locations[0])+2 G.add_node(start_node, pos=(0, 0)) G.add_node(end_node, pos=(0, 0)) # 添加边和边权 for i in range(len(locations[0])): G.add_edge(start_node, i+1, weight=0) G.add_edge(i+1, end_node, weight=0) for f in range(num_flights): for i in range(len(locations[0])): G.add_edge(i+1, len(locations[0])+flen(locations[0])+i+1, weight=0) G.add_edge(len(locations[0])+flen(locations[0])+i+1, end_node, weight=0) # 添加航班容量的限制 for f in range(num_flights): for i in range(len(locations[0])): G.add_edge(len(locations[0])+flen(locations[0])+i+1, len(locations[0])+flen(locations[0])+len(locations[0])+1, weight=-flight_capacity[f]) # 创造路径规划模型 path_model = nx.DiGraph() for i in range(len(locations[0])): for f in range(num_flights): for j in range(len(locations[0])): if i != j: path_model.add_edge(len(locations[0])+flen(locations[0])+i+1, len(locations[0])+flen(locations[0])+j+1, weight=G[i+1][j+1]['weight']+G[len(locations[0])+flen(locations[0])+i+1][len(locations[0])+flen(locations[0])+j+1]['weight']) # 添加航班时间的限制 for f in range(num_flights): for i in range(len(locations[0])): for j in range(len(locations[0])): if i != j: path_model.add_edge(len(locations[0])+f*len(locations[0])+i+1, len(locations[0])+((f+1)%num_flights)len(locations[0])+j+1, weight=G[i+1][j+1]['weight']) # 求解最短路径 path = nx.bellman_ford_path(path_model, source=start_node, target=end_node, weight='weight') # 绘制路径图 pos = nx.get_node_attributes(G, 'pos') nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_size=50, node_color='w') nx.draw_networkx_labels(G, pos) nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=G.edges(), width=0.5) for f in range(num_flights): start = len(locations[0])+flen(locations[0])+1 end = len(locations[0])+(f+1)*len(locations[0])+1 nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=path[start:end], edge_color='r', width=2.0, alpha=0.7) plt.axis('off') plt.show()找出错误并改正

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