r语言cellchat图代码

R语言中的`cellchat`包主要用于创建社交网络分析中的节点聚类和社区图，它基于igraph库。以下是简单的使用`cellchat`绘制细胞网络图的示例代码：

# 首先需要安装必要的包（如果尚未安装）
install.packages("cellchat")
install.packages("igraph")

# 加载所需库
library(cellchat)
library(igraph)

# 假设你有一个数据框df，其中包含细胞间的互动矩阵（例如共表达数据）
data <- data.frame(matrix(rnorm(100), ncol = 5), row.names = c("Cell1", "Cell2", ..., "CellN"))

# 将数据转换为igraph对象
network <- as.igraph(data, mode = "undirected", weighted = TRUE)

# 创建并布局网络
cellchat_graph <- cellchat(network)

# 绘制网络图
plot(cellchat_graph, vertex.size = degree(network)$degree, vertex.label = V(network)$name, layout = layout_with_fr(network))

# 可视化节点颜色或群组，这里假设你已经对节点分为了几个类别
node_colors <- ifelse(is.node.clustered(cellchat_graph), cluster.cellchat(graph = network), "white") # 使用cellchat的群组信息
plot(cellchat_graph, vertex.color = node_colors, vertex.label.cex = 0.8)