cellchat <- subsetData(cellchat) > future::plan(future::multicore, workers = 4)### > cellchat <- identifyOverExpressedGenes(cellchat)# 首先识别过表达基因(配体——受体) Error in (function (cond) : 在为'rowSums'函数选择方法时评估'x'参数出了错: subscript out of bounds
时间: 2024-04-18 14:33:22 浏览: 33
根据您提供的代码,出现了一个错误。这个错误是在使用`rowSums`函数时出现了"subscript out of bounds"的问题。这个错误通常是由于数组索引超出范围引起的。
要解决这个问题,您可以检查一下`identifyOverExpressedGenes`函数的实现,特别是与`rowSums`相关的部分。可能存在以下几个原因导致此错误:
1. 数据集`cellchat`中的行索引超出范围。您可以使用`dim(cellchat)`检查数据集的维度,确保在使用`rowSums`函数之前,数据集的行索引是有效的。
2. `identifyOverExpressedGenes`函数内部针对`rowSums`函数的处理有误。您可以查看函数的源代码,检查是否有可能导致数组索引超出范围的错误。
3. 数据集`cellchat`中存在缺失值或非数值型数据。这可能会导致`rowSums`函数无法正常工作。您可以使用`na.omit(cellchat)`检查是否存在缺失值,并使用适当的方法处理它们。
如果您无法解决这个问题,建议您提供更多的代码和数据信息,以便更准确地帮助您解决问题。
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plan("multiprocess", workers = 6) ###compute cores Error: Strategy 'multiprocess' is defunct in future (>= 1.32.0) [2023-03-06]. Instead, explicitly specify either 'multisession' (recommended) or 'multicore'.
这个错误是因为在 future (>= 1.32.0) 版本中,'multiprocess' 策略已经被废弃了。相反,你需要明确指定 'multisession'(推荐)或 'multicore'。如果你想使用多进程策略,可以将其更改为 'multicore'。例如:
```python
plan("multicore", workers=6)
```
这将使用多个 CPU 核心来并行计算。如果你使用的是 Dask,也可以使用 'dask.distributed' 模块来实现多进程计算。
plan("multiprocess", workers = 2) Error: Strategy 'multiprocess' is defunct in future (>= 1.32.0) [2023-03-06]. Instead, explicitly specify either 'multisession' (recommended) or 'multicore'.
这是因为在未来的版本中,'multiprocess'策略已经被废弃。您需要明确指定要使用的策略。建议使用'multisession'或'multicore'。如果您想要使用多进程并行,可以将策略更改为'multicore',如果您想要使用多进程会话并行,可以将策略更改为'multisession'。例如,如果您想要使用'multicore'策略,并且使用2个工作进程,则可以使用以下代码:
```python
plan(strategy='multicore', workers=2)
```