Error in rep(colors, length.out = nrow(pca_result_All$x)) : attempt to replicate an object of type 'closure'

时间: 2024-03-04 21:52:43 浏览: 298
这个错误通常发生在 R 语言中,它意味着你试图复制一个函数对象。这通常是因为你在代码中意外地使用了函数的名称而不是调用它。请检查你的代码中是否有类似于以下的错误: 1. 将函数的名称用作变量名,例如将 "sum" 用作变量名。 2. 在函数名称后面漏掉了括号,例如将 "mean" 写成了 "mean" 而不是 "mean()"。 如果你确定代码中没有类似的错误,请检查你的环境是否缺少某些必需的包或函数。你可以尝试重新安装相关的包或函数来解决这个问题。
相关问题

Error in scatterplot3d(pca_result_All$x[, 1:3], pch = 16, color = colors_All, : length(color) must be equal length(x) or 1

这个错误是因为你提供的颜色向量与数据向量的长度不一致,导致无法进行绘图。你可以使用以下代码来解决这个问题: 1. 确保你的颜色向量与数据向量具有相同的长度。 2. 如果你使用了一个长度为1的颜色向量,则颜色将被应用于所有数据点。 3. 如果你希望为每个数据点指定不同的颜色,你可以使用一个与数据向量相同长度的颜色向量。 例如,如果你有一个名为"colors"的颜色向量,你可以使用以下代码: ``` scatterplot3d(pca_result_All$x[, 1:3], pch = 16, color = rep(colors, length.out = nrow(pca_result_All$x))) ``` 这将使用"colors"向量中的颜色为每个数据点指定不同的颜色。

Warning message: In rep("black", times = 84, nrow(df_All)) : first element used of 'length.out' argument

这个警告信息是因为 `rep` 函数的参数不正确。在你的代码中,`rep` 函数的参数应该是 `times = nrow(df_All)`,表示需要重复的次数等于数据框 `df_All` 的行数,但是你使用了 `times = 84`。 警告信息的原因是,当 `length.out` 参数小于 `times` 参数时,`rep` 函数只会使用 `length.out` 参数中的第一个元素来重复向量或者元素。在这种情况下,警告信息会提示只使用了 `length.out` 参数中的第一个元素。 为了避免这个警告信息,可以将 `times` 参数改为 `nrow(df_All)`。例如: ```r df_All <- read.table("Data_All.txt", header = TRUE) dfGroup_All <- read.table("Group_All.txt", header = TRUE) col <- rep("black", nrow(df_All)) col[df_All$group == 1] <- "red" col[df_All$group == 2] <- "green" col[df_All$group == 3] <- "black" ``` 这样就可以避免警告信息了。
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请在以下R代码基础上:# ①建立50×30的随机数据和30个变量 set.seed(123) X <- matrix(rnorm(50*30), ncol=30) y <- rnorm(50) # ②生成三组不同系数的线性模型 beta1 <- rnorm(30, mean=1, sd=0.5) beta2 <- rnorm(30, mean=2, sd=0.5) beta3 <- rnorm(30, mean=3, sd=0.5) # 定义一个函数用于计算线性回归的CV值 cv_linear <- function(X, y, k=10, lambda=NULL) { n <- nrow(X) if (is.null(lambda)) { lambda <- seq(0, 1, length.out=100) } mse <- rep(0, length(lambda)) folds <- sample(rep(1:k, length.out=n)) for (i in 1:k) { X_train <- X[folds!=i, ] y_train <- y[folds!=i] X_test <- X[folds==i, ] y_test <- y[folds==i] for (j in 1:length(lambda)) { fit <- glmnet(X_train, y_train, alpha=0, lambda=lambda[j]) y_pred <- predict(fit, newx=X_test) mse[j] <- mse[j] + mean((y_test - y_pred)^2) } } mse <- mse / k return(mse) } # ③(线性回归中)分别计算这三组的CV值 lambda <- seq(0, 1, length.out=100) mse1 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse2 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse3 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) # ④(岭回归中)分别画出这三组的两张图,每组两张图均以lambda为横坐标: library(glmnet) par(mfrow=c(2,3)) # 画Beta1的CV error图 plot(lambda, mse1, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta1 CV error") # 画Beta1的Prediction error图 fit1 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse1)]) y_pred1 <- as.vector(predict(fit1, newx=X)) pred_error1 <- mean((y - y_pred1)^2) lambda <- as.vector(lambda) pred_error1 <- as.vector(pred_error1) if (length(lambda) != length(pred_error1)) { if (length(lambda) > length(pred_error1)) { pred_error1 <- rep(pred_error1, length.out = length(lambda)) } else { lambda <- rep(lambda, length.out = length(pred_error1)) } } plot(lambda, pred_error1, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta1 Prediction error") # 画Beta2的CV error图 plot(lambda, mse2, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta2 CV error") # 画Beta2的Prediction error图 fit2 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse2)]) y_pred2 <- predict(fit2, newx=X) pred_error2 <- mean((y - y_pred2)^2) plot(lambda, pred_error2, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta2 Prediction error") # 画Beta3的CV error图 plot(lambda, mse3, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta3 CV error") # 画Beta3的Prediction error图 fit3 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse3)]) y_pred3 <- predict(fit3, newx=X) pred_error3 <- mean((y - y_pred3)^2) plot(lambda, pred_error3, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta3 Prediction error")。对每组数据绘制纵坐标为Prediction error的图的代码进行修改

base_efron <- function(y_test, y_test_pred) { time = y_test[,1] event = y_test[,2] y_pred = y_test_pred n = length(time) sort_index = order(time, decreasing = F) time = time[sort_index] event = event[sort_index] y_pred = y_pred[sort_index] time_event = time * event unique_ftime = unique(time[event!=0]) m = length(unique_ftime) tie_count = as.numeric(table(time[event!=0])) ind_matrix = matrix(rep(time, times = length(time)), ncol = length(time)) - t(matrix(rep(time, times = length(time)), ncol = length(time))) ind_matrix = (ind_matrix == 0) ind_matrix[ind_matrix == TRUE] = 1 time_count = as.numeric(cumsum(table(time))) ind_matrix = ind_matrix[time_count,] tie_haz = exp(y_pred) * event tie_haz = ind_matrix %*% matrix(tie_haz, ncol = 1) event_index = which(tie_haz!=0) tie_haz = tie_haz[event_index,] cum_haz = (ind_matrix %*% matrix(exp(y_pred), ncol = 1)) cum_haz = rev(cumsum(rev(cum_haz))) cum_haz = cum_haz[event_index] base_haz = c() j = 1 while(j < m+1) { l = tie_count[j] J = seq(from = 0, to = l-1, length.out = l)/l Dm = cum_haz[j] - J*tie_haz[j] Dm = 1/Dm Dm = sum(Dm) base_haz = c(base_haz, Dm) j = j+1 } base_haz = cumsum(base_haz) base_haz_all = unlist( sapply(time, function(x){ if else( sum(unique_ftime <= x) == 0, 0, base_haz[ unique_ftime==max(unique_ftime[which(unique_ftime <= x)])])}), use.names = F) if (length(base_haz_all) < length(time)) { base_haz_all <- c(rep(0, length(time) - length(base_haz_all)), base_haz_all) } return(list(cumhazard = unique(data.frame(hazard=base_haz_all, time = time)), survival = unique(data.frame(surv=exp(-base_haz_all), time = time)))) }改成python代码

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