vcftools过滤
时间: 2023-08-13 16:19:21 浏览: 76
vcftools使用手册.pptx
VCFTOOLS是一个常用的VCF文件解析工具,可以进行各种类型的过滤。以下是一个简单的vcftools过滤命令示例:
```
vcftools --vcf input.vcf --chr chr1 --from-bp 10000 --to-bp 20000 --remove-filtered-all --recode --out output
```
这个命令的意思是从输入文件input.vcf中选择染色体chr1上位置在10,000到20,000之间的变异位点,过滤掉所有被标记为过滤的位点,然后重新编码为VCF格式输出到output文件中。你可以根据自己的需要修改这个命令来进行不同类型的过滤。
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