如果vcf文件想根据深度进行过滤，应该根据总的深度还是每个样本的深度呢？vcftools过滤深度的时候是根据哪个标准过滤的呢

如果想要根据深度进行过滤，可以根据每个样本的深度或者所有样本的深度之和进行过滤，具体根据哪个标准进行过滤取决于研究的目的和实验设计。

在使用`vcftools`过滤深度时，可以使用`--minDP`或`--maxDP`选项根据每个样本的深度进行过滤，也可以使用`--min-meanDP`或`--max-meanDP`选项根据所有样本的平均深度进行过滤。例如：

1. 根据每个样本的深度过滤：

vcftools --vcf input.vcf --minDP 10 --recode --out output

2. 根据所有样本的平均深度过滤：

vcftools --vcf input.vcf --min-meanDP 10 --recode --out output

在以上命令中，`--recode`选项用于生成新的VCF文件，`--out`选项用于指定输出文件的前缀。

需要注意的是，`vcftools`还有其他选项可以用于基于深度进行过滤，具体可以参考官方文档。同时，需要根据实验设计和研究目的选择合适的过滤标准。