python读取文件夹中edf文件
时间: 2023-05-29 07:02:44 浏览: 207
可以使用Python的os和glob模块来读取文件夹中的edf文件。下面是一个例子:
```python
import os
import glob
folder_path = "/path/to/folder"
edf_files = glob.glob(os.path.join(folder_path, "*.edf"))
for file_path in edf_files:
with open(file_path, "rb") as f:
# 读取edf文件内容
# ...
```
首先,使用glob模块来匹配所有的edf文件路径。然后,使用os模块的join方法将文件夹路径和文件名模式连接起来,得到匹配的文件路径列表。最后,使用with语句打开每个edf文件,并读取文件内容。注:这里打开文件以二进制模式进行读取。
相关问题
python读取文件夹中的脑电数据
以下是一个读取文件夹中脑电数据的Python示例代码:
```python
import os
import mne
# 指定文件夹路径
folder_path = 'path/to/folder'
# 遍历文件夹中所有的文件
for file_name in os.listdir(folder_path):
# 检查文件扩展名是否为.edf
if file_name.endswith('.edf'):
# 读取EDF文件
raw = mne.io.read_raw_edf(os.path.join(folder_path, file_name))
# 打印信号数据
print(raw.get_data())
```
这段代码使用mne库来读取EDF文件,它可以轻松读取常见的脑电数据格式。在循环中,我们遍历文件夹中所有的文件,并检查它们的扩展名是否为.edf。如果是,我们就读取该文件并打印出其信号数据。你可以根据自己的需求来修改这段代码。
python逐个读取文件夹的EDF文件并每隔30秒的窗口切分EDF数据
以下是示例代码:
```python
import os
import pyedflib
import numpy as np
import time
# 设置读取的文件夹路径和切分窗口大小
folder_path = '/path/to/edf/files/'
window_size = 30 # 单位是秒
# 遍历文件夹中的所有EDF文件
for filename in os.listdir(folder_path):
if filename.endswith('.edf'):
edf_file = os.path.join(folder_path, filename)
print('Processing file:', edf_file)
# 打开EDF文件
f = pyedflib.EdfReader(edf_file)
# 获取信号通道数目和采样率
num_channels = f.signals_in_file
sample_rate = f.get_sample_freq(0)
# 计算窗口大小的采样点数
window_size_samples = window_size * sample_rate
# 逐个读取数据窗口并写入新的EDF文件
num_windows = int(np.floor(f.file_duration / window_size))
for i in range(num_windows):
# 计算读取的起始和结束位置
start_sample = i * window_size_samples
end_sample = (i + 1) * window_size_samples
# 读取数据并写入新的EDF文件
new_edf_file = os.path.join(folder_path, filename + '_' + str(i+1) + '.edf')
with pyedflib.EdfWriter(new_edf_file, num_channels, file_type=pyedflib.FILETYPE_EDFPLUS) as writer:
writer.set_signal_header(f.getSignalHeaders())
writer.set_patient_info(f.getPatientInfo())
for channel in range(num_channels):
signal = f.readSignal(channel, start_sample, end_sample)
writer.writeSignal(signal)
print('Processed window:', i+1)
time.sleep(1) # 休眠1秒避免频繁IO操作
f.close()
print('File processing complete:', edf_file)
```
代码逻辑比较简单。首先遍历文件夹中所有的EDF文件,逐个打开并获取信号通道数和采样率。然后计算每个窗口的采样点数,根据文件总时长和窗口大小计算出需要读取的窗口数。接着在循环中逐步读取每个窗口的数据,并将其写入新的EDF文件中。读取数据使用了pyedflib库中的readSignal函数,可以很方便地设置起始和结束位置。写入新文件使用pyedflib库中的EdfWriter对象,可以分别写入信号头和信号数据。
注意:
1. 代码中使用了numpy和time库
2. 写入新EDF文件时需要设置信号头和患者信息,这些信息可以从原EDF文件中获取
3. 为了避免频繁IO,将每个窗口处理完之后休眠了1秒