python逐个读取文件夹的EDF文件并每隔30秒的窗口切分EDF数据

时间: 2023-05-29 08:02:37 浏览: 39
以下是示例代码: ```python import os import pyedflib import numpy as np import time # 设置读取的文件夹路径和切分窗口大小 folder_path = '/path/to/edf/files/' window_size = 30 # 单位是秒 # 遍历文件夹中的所有EDF文件 for filename in os.listdir(folder_path): if filename.endswith('.edf'): edf_file = os.path.join(folder_path, filename) print('Processing file:', edf_file) # 打开EDF文件 f = pyedflib.EdfReader(edf_file) # 获取信号通道数目和采样率 num_channels = f.signals_in_file sample_rate = f.get_sample_freq(0) # 计算窗口大小的采样点数 window_size_samples = window_size * sample_rate # 逐个读取数据窗口并写入新的EDF文件 num_windows = int(np.floor(f.file_duration / window_size)) for i in range(num_windows): # 计算读取的起始和结束位置 start_sample = i * window_size_samples end_sample = (i + 1) * window_size_samples # 读取数据并写入新的EDF文件 new_edf_file = os.path.join(folder_path, filename + '_' + str(i+1) + '.edf') with pyedflib.EdfWriter(new_edf_file, num_channels, file_type=pyedflib.FILETYPE_EDFPLUS) as writer: writer.set_signal_header(f.getSignalHeaders()) writer.set_patient_info(f.getPatientInfo()) for channel in range(num_channels): signal = f.readSignal(channel, start_sample, end_sample) writer.writeSignal(signal) print('Processed window:', i+1) time.sleep(1) # 休眠1秒避免频繁IO操作 f.close() print('File processing complete:', edf_file) ``` 代码逻辑比较简单。首先遍历文件夹中所有的EDF文件,逐个打开并获取信号通道数和采样率。然后计算每个窗口的采样点数,根据文件总时长和窗口大小计算出需要读取的窗口数。接着在循环中逐步读取每个窗口的数据,并将其写入新的EDF文件中。读取数据使用了pyedflib库中的readSignal函数,可以很方便地设置起始和结束位置。写入新文件使用pyedflib库中的EdfWriter对象,可以分别写入信号头和信号数据。 注意: 1. 代码中使用了numpy和time库 2. 写入新EDF文件时需要设置信号头和患者信息,这些信息可以从原EDF文件中获取 3. 为了避免频繁IO,将每个窗口处理完之后休眠了1秒

相关推荐

这个需求可以使用Python中的pyEDF库实现。具体步骤如下: 1. 安装pyEDF库:在终端中输入以下命令安装pyEDF库 python pip install pyEDF 2. 导入库 python import pyedflib import os import time 2. 定义函数:该函数接收两个参数edf_file_path和target_folder_path,分别表示edf文件路径和目标文件夹路径。函数的作用就是每隔30秒读取edf文件中的30秒数据,并将其保存为新的edf文件到目标文件夹中。 python def split_edf(edf_file_path, target_folder_path): # 打开edf文件 f = pyedflib.EdfReader(edf_file_path) # 获取采样频率 sample_frequency = f.getSampleFrequency(0) # 获取信道数量 num_channels = f.signals_in_file # 计算每30秒有多少个采样点数 num_samples_per_30s = sample_frequency * 30 # 计算一共有多少个30秒数据段 num_segments = f.getNSamples()[0] // num_samples_per_30s # 计算每个30秒数据段的起始时间点和结束时间点 start_time = f.getStartdatetime() end_time = start_time + num_segments * 30 # 循环读取每个30秒数据段并保存为新的edf文件 for i in range(num_segments): start_sample = i * num_samples_per_30s end_sample = (i+1) * num_samples_per_30s # 构造新的edf文件名(根据时间戳) timestamp = int(time.time()) file_name = os.path.join(target_folder_path, f"segment_{timestamp}_{i+1}.edf") # 打开新的edf文件并写入数据 with pyedflib.EdfWriter(file_name, num_channels=num_channels, file_type=pyedflib.FILETYPE_EDFPLUS) as writer: writer.setSignalHeaders(f.getSignalHeaders()) writer.setStartdatetime(start_time + i * 30) for j in range(num_channels): writer.writeSamples(f.readSignal(j, start_sample, end_sample)) # 关闭edf文件 f.close() 3. 调用函数:传入edf文件路径和目标文件夹路径,即可开始分隔edf文件。 python edf_file_path = "/path/to/edf/file" target_folder_path = "/path/to/target/folder" while True: split_edf(edf_file_path, target_folder_path) time.sleep(30) 以上代码会每隔30秒执行一次split_edf函数,将edf文件分隔成30秒的数据段,并保存为新的edf文件到目标文件夹中。您可以根据需求将其封装成自己的应用程序,或者将其运行在后台作为一个服务。
### 回答1: 在MATLAB中,可以使用edfread函数来读取EDF(European Data Format)文件,并使用save函数将读取的数据保存为MAT文件。 以下是将EDF文件批量读取并另存为MAT文件的代码: matlab % 设置EDF文件夹路径 edfFolderPath = 'EDF文件夹路径'; % 获取EDF文件夹中的所有EDF文件名 fileList = dir(fullfile(edfFolderPath, '*.edf')); numFiles = length(fileList); % 循环读取和保存EDF文件 for i = 1:numFiles % 获取当前EDF文件名 fileName = fileList(i).name; % 构建当前EDF文件的完整路径 filePath = fullfile(edfFolderPath, fileName); % 使用edfread函数读取EDF文件的数据和属性 [data, header] = edfread(filePath); % 构建保存MAT文件的路径和文件名 matFilePath = fullfile(edfFolderPath, [fileList(i).name(1:end-4) '.mat']); % 使用save函数将EDF数据保存为MAT文件 save(matFilePath, 'data', 'header'); disp(['EDF文件 ' fileName ' 已成功转换为MAT文件']); end 请将代码中的edfFolderPath替换为EDF文件所在的文件夹的路径。此代码会遍历指定文件夹中的所有EDF文件,使用edfread函数读取EDF文件的数据和属性,然后使用save函数将数据和属性保存为MAT文件。每个EDF文件的MAT文件将保存在与原始EDF文件相同的文件夹中,并以相同的文件名为基础,只是文件扩展名变为.mat。 代码执行时,会打印每个EDF文件转换为MAT文件的成功信息。 ### 回答2: 以下是一个示例代码,可以批量读取.edf文件并将其另存为.mat文件。 python import mne import os # 定义待处理的.edf文件夹路径 edf_folder = "your_edf_folder" # 定义保存.mat文件的文件夹路径 mat_folder = "your_mat_folder" # 获取.edf文件夹下的所有文件名 edf_files = os.listdir(edf_folder) for edf_file in edf_files: if edf_file.endswith(".edf"): # 构建.edf文件的完整路径 edf_path = os.path.join(edf_folder, edf_file) # 构建.mat文件的完整路径 mat_path = os.path.join(mat_folder, os.path.splitext(edf_file)[0] + ".mat") # 读取.edf文件 raw = mne.io.read_raw_edf(edf_path, preload=True) # 将.edf数据存储为.mat文件 raw.save(mat_path, overwrite=True) 需要注意的是,为了运行上述代码,您需要安装并导入MNE-Python库。您可以使用以下命令来安装该库: python pip install mne 请根据您的实际情况修改示例代码中的文件夹路径,以确保代码能够正确运行。 ### 回答3: 批量读取edf文件并另存为.mat文件的代码如下: python import os import pyedflib import scipy.io def batch_convert_edf_to_mat(edf_folder, mat_folder): edf_files = os.listdir(edf_folder) for edf_file in edf_files: if edf_file.endswith('.edf'): edf_path = os.path.join(edf_folder, edf_file) # 读取edf文件 edf_data = pyedflib.EdfReader(edf_path) signals = [] for i in range(edf_data.signals_in_file): signals.append(edf_data.readSignal(i)) # 保存为.mat文件 mat_file_name = edf_file[:-4] + '.mat' mat_file_path = os.path.join(mat_folder, mat_file_name) scipy.io.savemat(mat_file_path, {'signals': signals}) print(f"{edf_file}转换为{mat_file_path}成功!") edf_folder = 'EDF文件夹路径' mat_folder = '保存.mat文件的文件夹路径' batch_convert_edf_to_mat(edf_folder, mat_folder) 以上代码实现了批量读取给定文件夹下的所有.edf文件,并将其转换为.mat文件保存到指定文件夹中。需要将EDF文件夹路径替换为实际的EDF文件所在文件夹的路径,将保存.mat文件的文件夹路径替换为保存.mat文件的文件夹的路径。
要使用pandas读取edf文件,可以使用mne包来实现。首先,需要安装mne包,可以使用pip install mne命令进行安装。然后,导入需要的模块,包括pandas和mne。接下来,指定edf文件的路径和所选的通道名称。使用mne.io.read_raw_edf函数读取原始数据,并将preload参数设置为True以将数据预加载到内存中。然后,使用pick_channels方法选择所需的通道。最后,使用to_data_frame方法将读取的数据转换为pandas的DataFrame格式,可以进一步处理和分析数据。以下是一个示例代码: python import pandas as pd import mne data_path = './dataset/SC4001E0-PSG.edf' # 替换为你的数据路径 signal_name = 'EEG Fpz-Cz' # 替换为你所选的通道名称 raw_data = mne.io.read_raw_edf(data_path, preload=True) raw_data.pick_channels(\[signal_name\]) eeg = raw_data.to_data_frame() 这样,你就可以使用pandas来处理edf文件中的数据了。 #### 引用[.reference_title] - *1* [python读取edf文件数据](https://blog.csdn.net/zzx2016zzx/article/details/121405013)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [用python读取edf格式数据](https://blog.csdn.net/weixin_40356612/article/details/106079347)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
### 回答1: 在MATLAB中遍历文件夹内的所有EDF文件可以使用dir函数和正则表达式来实现。 首先,通过dir('文件夹路径/*.edf')使用dir函数来获取该文件夹下所有以.edf结尾的文件的信息。这将返回一个结构体数组,其中每个元素代表一个文件的信息,包括文件名、文件夹路径等。 然后,我们可以遍历这个结构体数组,取出每个文件的文件名,并可以使用其他函数或操作对这些EDF文件进行处理。比如,可以使用edfread函数来读取EDF文件的数据或元数据。 下面是一个示例代码,演示了如何遍历文件夹内所有EDF文件,并获取每个文件的文件名: matlab folder = '文件夹路径'; % 替换为实际的文件夹路径 files = dir(fullfile(folder, '*.edf')); for i = 1:numel(files) file_name = files(i).name; fprintf('文件名:%s\n', file_name); % 在这里可以继续对该EDF文件进行处理,比如使用edfread函数 % data = edfread(fullfile(folder, file_name)); end 注意:这里的文件夹路径可以是相对路径或绝对路径,根据实际情况进行替换。上面的代码中,我们使用了allflag='no',这表示只获取文件夹内的文件,不包括子文件夹中的文件。如果需要包括子文件夹中的文件,则将allflag设置为'yes'。 希望对您有所帮助! ### 回答2: 在MATLAB中,可以使用dir函数来遍历文件夹内的所有文件,然后过滤出以".edf"为后缀的文件。以下是一个示例代码: matlab folder = '文件夹路径'; % 将文件夹路径替换为实际的文件夹路径 files = dir(fullfile(folder, '*.edf')); % 获取文件夹中所有以.edf为后缀的文件 for i = 1:numel(files) filename = fullfile(folder, files(i).name); % 获取文件的完整路径 % 在这里对每个.edf文件进行进一步处理,如读取数据等 % 示例代码: % edfData = edfread(filename); % 假设使用某个函数edfread来读取edf数据 % 处理操作... end 以上代码首先通过dir函数获取指定文件夹内所有名字以.edf结尾的文件,然后使用for循环遍历每个文件,其中files(i).name表示当前文件名。通过使用fullfile函数,可以将文件夹路径和文件名拼接成完整路径。在for循环中,可以对每个.edf文件进行进一步处理,如读取数据、提取信息等。请根据实际需求修改代码中的文件夹路径及处理操作部分。 ### 回答3: MATLAB可以使用dir函数来遍历指定文件夹内的所有文件,然后通过判断文件扩展名是否为".edf"来筛选出所有的EDF文件。 首先,我们需要使用uigetdir函数来选择希望遍历的文件夹,将其路径存储在一个变量中: matlab folder = uigetdir(); 然后,使用dir函数读取文件夹内所有的文件和文件夹: matlab files = dir(folder); 接下来,使用一个循环遍历所有的文件,通过判断每个文件的扩展名是否为".edf"来筛选出EDF文件: matlab edfFiles = {}; for i = 1:length(files) if ~files(i).isdir && strcmpi(files(i).name(end-3:end), ".edf") edfFiles{end+1} = fullfile(folder, files(i).name); end end 在循环中,~files(i).isdir用于排除文件夹。strcmpi(files(i).name(end-3:end), ".edf")用于判断文件的扩展名是否为".edf",其中strcmpi函数用于不区分大小写地比较字符串。 将每个符合条件的EDF文件的完整路径存储在一个cell数组edfFiles中。 现在,edfFiles中存储了文件夹内所有的EDF文件的完整路径。你可以进一步对这些文件进行处理,如读取、分析等。
这个问题比较复杂,需要使用一些第三方库来实现。以下是一个可能的解决方案: 1. 安装依赖库 需要安装以下几个库: - mne:用于读取和处理脑电数据 - pandas:用于生成 Excel 文件 可以使用 pip 来安装这些库: pip install mne pandas 2. 读取脑电数据 使用 mne 库读取脑电数据,可以使用 mne.io.read_raw() 函数。假设你的脑电数据都保存在 data/ 文件夹中,可以使用以下代码来读取一个文件夹中的所有数据: python import os import mne data_folder = 'data' # 遍历文件夹中的所有文件 for filename in os.listdir(data_folder): # 只处理 .edf 文件 if filename.endswith('.edf'): # 构造文件路径 filepath = os.path.join(data_folder, filename) # 使用 mne 读取数据 raw = mne.io.read_raw_edf(filepath) # TODO: 在这里处理数据并保存到 Excel 文件中 3. 处理数据并保存到 Excel 文件中 读取脑电数据后,你需要对数据进行处理并将结果保存到 Excel 文件中。这里我们使用 pandas 库来生成 Excel 文件。 假设你的数据包含多个通道,你想要分别计算每个通道的功率谱密度,并将结果保存到 Excel 文件中。可以使用以下代码来实现: python import os import mne import pandas as pd data_folder = 'data' output_folder = 'output' # 遍历文件夹中的所有文件 for filename in os.listdir(data_folder): # 只处理 .edf 文件 if filename.endswith('.edf'): # 构造文件路径 filepath = os.path.join(data_folder, filename) # 使用 mne 读取数据 raw = mne.io.read_raw_edf(filepath) # 计算功率谱密度 psds, freqs = mne.time_frequency.psd_welch(raw, fmin=1, fmax=100, n_fft=2048) # 取平均值,每个通道一个值 psds_mean = psds.mean(axis=1) # 构造 DataFrame df = pd.DataFrame({'channel': raw.ch_names, 'psd': psds_mean}) # 将结果保存到 Excel 文件中 output_filename = os.path.splitext(filename)[0] + '.xlsx' output_filepath = os.path.join(output_folder, output_filename) df.to_excel(output_filepath, index=False) 这段代码将计算每个通道的功率谱密度,并将结果保存到一个 DataFrame 中。然后使用 to_excel() 函数将 DataFrame 写入 Excel 文件中。文件名与原始数据文件相同,只是后缀变为 .xlsx。 注意:这段代码只是一个示例,你可能需要根据你的数据和需求进行修改。

最新推荐

课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip

【资源说明】 课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip课程设计基于stm32的WIFI小车控制源代码.zip 【备注】 1、该资源内项目代码都经过测试运行成功,功能ok的情况下才上传的,请放心下载使用! 2、本项目适合计算机相关专业(如计科、人工智能、通信工程、自动化、电子信息等)的在校学生、老师或者企业员工下载使用,也适合小白学习进阶,当然也可作为毕设项目、课程设计、作业、项目初期立项演示等。 3、如果基础还行,也可在此代码基础上进行修改,以实现其他功能,也可直接用于毕设、课设、作业等。 欢迎下载,沟通交流,互相学习,共同进步!

数据结构1800试题.pdf

你还在苦苦寻找数据结构的题目吗?这里刚刚上传了一份数据结构共1800道试题,轻松解决期末挂科的难题。不信?你下载看看,这里是纯题目,你下载了再来私信我答案。按数据结构教材分章节,每一章节都有选择题、或有判断题、填空题、算法设计题及应用题,题型丰富多样,共五种类型题目。本学期已过去一半,相信你数据结构叶已经学得差不多了,是时候拿题来练练手了,如果你考研,更需要这份1800道题来巩固自己的基础及攻克重点难点。现在下载,不早不晚,越往后拖,越到后面,你身边的人就越卷,甚至卷得达到你无法想象的程度。我也是曾经遇到过这样的人,学习,练题,就要趁现在,不然到时你都不知道要刷数据结构题好还是高数、工数、大英,或是算法题?学完理论要及时巩固知识内容才是王道!记住!!!下载了来要答案(v:zywcv1220)。

特邀编辑特刊:安全可信计算

10特刊客座编辑安全和可信任计算0OZGUR SINANOGLU,阿布扎比纽约大学,阿联酋 RAMESHKARRI,纽约大学,纽约0人们越来越关注支撑现代社会所有信息系统的硬件的可信任性和可靠性。对于包括金融、医疗、交通和能源在内的所有关键基础设施,可信任和可靠的半导体供应链、硬件组件和平台至关重要。传统上,保护所有关键基础设施的信息系统,特别是确保信息的真实性、完整性和机密性,是使用在被认为是可信任和可靠的硬件平台上运行的软件实现的安全协议。0然而,这一假设不再成立;越来越多的攻击是0有关硬件可信任根的报告正在https://isis.poly.edu/esc/2014/index.html上进行。自2008年以来,纽约大学一直组织年度嵌入式安全挑战赛(ESC)以展示基于硬件的攻击对信息系统的容易性和可行性。作为这一年度活动的一部分,ESC2014要求硬件安全和新兴技术�

如何查看mysql版本

### 回答1: 可以通过以下两种方式来查看MySQL版本: 1. 通过命令行方式: 打开终端,输入以下命令: ``` mysql -V ``` 回车后,会显示MySQL版本信息。 2. 通过MySQL客户端方式: 登录到MySQL客户端,输入以下命令: ``` SELECT VERSION(); ``` 回车后,会显示MySQL版本信息。 ### 回答2: 要查看MySQL的版本,可以通过以下几种方法: 1. 使用MySQL命令行客户端:打开命令行终端,输入mysql -V命令,回车后会显示MySQL的版本信息。 2. 使用MySQL Workbench:打开MyS

TFT屏幕-ILI9486数据手册带命令标签版.pdf

ILI9486手册 官方手册 ILI9486 is a 262,144-color single-chip SoC driver for a-Si TFT liquid crystal display with resolution of 320RGBx480 dots, comprising a 960-channel source driver, a 480-channel gate driver, 345,600bytes GRAM for graphic data of 320RGBx480 dots, and power supply circuit. The ILI9486 supports parallel CPU 8-/9-/16-/18-bit data bus interface and 3-/4-line serial peripheral interfaces (SPI). The ILI9486 is also compliant with RGB (16-/18-bit) data bus for video image display. For high speed serial interface, the ILI9486 also provides one data and clock lane and supports up to 500Mbps on MIPI DSI link. And also support MDDI interface.

特邀编辑导言:片上学习的硬件与算法

300主编介绍:芯片上学习的硬件和算法0YU CAO,亚利桑那州立大学XINLI,卡内基梅隆大学TAEMINKIM,英特尔SUYOG GUPTA,谷歌0近年来,机器学习和神经计算算法取得了重大进展,在各种任务中实现了接近甚至优于人类水平的准确率,如基于图像的搜索、多类别分类和场景分析。然而,大多数方法在很大程度上依赖于大型数据集的可用性和耗时的离线训练以生成准确的模型,这在许多处理大规模和流式数据的应用中是主要限制因素,如工业互联网、自动驾驶车辆和个性化医疗分析。此外,这些智能算法的计算复杂性仍然对最先进的计算平台构成挑战,特别是当所需的应用受到功耗低、吞吐量高、延迟小等要求的严格限制时。由于高容量、高维度和高速度数据,最近传感器技术的进步进一步加剧了这种情况。0在严格的条件下支持芯片上学习和分类的挑战0性�

self.dilation_rate = dilation_rate

### 回答1: 这是一个在神经网络中使用的超参数,用于控制卷积层中滤波器中采样间隔的大小。这意味着,通过设置 dilation_rate 参数,可以调整卷积层的感受野大小。如果 dilation_rate 参数设置为1,则表示使用常规的卷积操作,如果设置大于1,则表示在滤波器中的像素之间跳过一些像素,从而增加了感受野的大小。这通常用于处理具有大尺度特征的图像或语音信号。 ### 回答2: self.dilation_rate = dilation_rate 是一个Python类中的赋值语句。这条语句的作用是将变量dilation_rate的值赋给类的成员变量self.dilation_

freescale IMX6 开发板原理图

freesacle 的arm cortex-a9的双核 四核管脚兼容CPU开发板原理图。

让故事活起来: 生成交互式小说世界

30第十六届AAAI人工智能与互动数字娱乐大会论文集(AIIDE-20)0栩栩如生的故事:生成交互式小说世界0Prithviraj Ammanabrolu, � Wesley Cheung, � Dan Tu, William Broniec, Mark O. Riedl School ofInteractive Computing Georgia Institute of Technology { raj.ammanabrolu, wcheung8, d.tu,wbroniec3, riedl } @gatech.edu0摘要0交互式小说(也称为基于文本的游戏)是一种玩家纯粹通过文本自然语言与虚拟世界互动的游戏形式。在这项工作中,我们专注于程序化生成交互式小说的世界。生成这些世界需要(a)参考日常和主题常识先验知识,此外还需要(b)在语义上保持一致,(c)趣味性,(d)整体连贯性,同时(e)生成地点、人物和物品的流利自然语言描述。借鉴现有书籍的情节作为灵感,我们提出了一种方法,首先提取一个部分知识图,编码关于世界结构(如位置和物品)的基本信�

do_fork()中,如何为父/子进程优先级设置?为什么要这样做?

### 回答1: 在 do_fork() 中,可以通过调用 sched_fork() 函数来为父/子进程设置优先级。这是因为在进程创建时,需要为新进程分配资源,而资源的分配与进程的优先级有关。通过设置优先级,可以确保新进程能够获得足够的资源,并且能够在合适的时间得到调度,提高系统的性能和稳定性。 ### 回答2: 在Linux内核的do_fork()函数中,父进程和子进程的优先级是通过继承父进程的优先级来设置的。 父进程的优先级是由调度器设置的,而在调用do_fork()函数创建子进程时,子进程会继承父进程的优先级。这个继承行为是通过调用copy_process()函数实现的。在cop