python逐个读取文件夹的EDF文件并每隔30秒的窗口切分EDF数据
时间: 2023-05-29 12:02:37 浏览: 218
以下是示例代码:
```python
import os
import pyedflib
import numpy as np
import time
# 设置读取的文件夹路径和切分窗口大小
folder_path = '/path/to/edf/files/'
window_size = 30 # 单位是秒
# 遍历文件夹中的所有EDF文件
for filename in os.listdir(folder_path):
if filename.endswith('.edf'):
edf_file = os.path.join(folder_path, filename)
print('Processing file:', edf_file)
# 打开EDF文件
f = pyedflib.EdfReader(edf_file)
# 获取信号通道数目和采样率
num_channels = f.signals_in_file
sample_rate = f.get_sample_freq(0)
# 计算窗口大小的采样点数
window_size_samples = window_size * sample_rate
# 逐个读取数据窗口并写入新的EDF文件
num_windows = int(np.floor(f.file_duration / window_size))
for i in range(num_windows):
# 计算读取的起始和结束位置
start_sample = i * window_size_samples
end_sample = (i + 1) * window_size_samples
# 读取数据并写入新的EDF文件
new_edf_file = os.path.join(folder_path, filename + '_' + str(i+1) + '.edf')
with pyedflib.EdfWriter(new_edf_file, num_channels, file_type=pyedflib.FILETYPE_EDFPLUS) as writer:
writer.set_signal_header(f.getSignalHeaders())
writer.set_patient_info(f.getPatientInfo())
for channel in range(num_channels):
signal = f.readSignal(channel, start_sample, end_sample)
writer.writeSignal(signal)
print('Processed window:', i+1)
time.sleep(1) # 休眠1秒避免频繁IO操作
f.close()
print('File processing complete:', edf_file)
```
代码逻辑比较简单。首先遍历文件夹中所有的EDF文件,逐个打开并获取信号通道数和采样率。然后计算每个窗口的采样点数,根据文件总时长和窗口大小计算出需要读取的窗口数。接着在循环中逐步读取每个窗口的数据,并将其写入新的EDF文件中。读取数据使用了pyedflib库中的readSignal函数,可以很方便地设置起始和结束位置。写入新文件使用pyedflib库中的EdfWriter对象,可以分别写入信号头和信号数据。
注意:
1. 代码中使用了numpy和time库
2. 写入新EDF文件时需要设置信号头和患者信息,这些信息可以从原EDF文件中获取
3. 为了避免频繁IO,将每个窗口处理完之后休眠了1秒
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