im = im[:, 0, :, :] image_nii = sitk.GetImageFromArray(im.cpu()) train_img_path = os.path.join(save_results_data,"train/img") sitk.WriteImage(image_nii, os.path.join(train_img_path, "UNet_" + str(name[0]) + '.nii.gz'))
时间: 2024-04-11 18:32:25 浏览: 101
这段代码的目的是将Numpy数组 `im` 转换为SimpleITK图像对象,并将其保存为NIfTI文件。
首先,通过 `im[:, 0, :, :]` 获取 `im` 数组的第一个通道子数组。
然后,使用 `sitk.GetImageFromArray(im.cpu())` 将Numpy数组转换为SimpleITK图像对象。其中 `cpu()` 是用于将张量从GPU内存转移到CPU内存(如果张量在GPU上)的方法。
接下来,将保存结果的路径和文件名组合起来,并使用 `sitk.WriteImage()` 方法将SimpleITK图像对象保存为NIfTI文件。这里使用了 `os.path.join()` 函数来构建文件路径。
整个代码的目的是将处理后的图像数据保存为NIfTI格式,以便后续使用或分析。
相关问题
给下面的代码增加自动解压.gz文件的功能def load_nii_data(file_path): image = sitk.ReadImage(file_path) image_data = sitk.GetArrayFromImage(image) return image_data
好的,我会为您增加自动解压.gz文件的功能。您可以尝试以下代码:
import gzip
def load_nii_data(file_path):
if file_path.endswith('.gz'):
with gzip.open(file_path, 'rb') as f:
image = sitk.ReadImage(f.read())
else:
image = sitk.ReadImage(file_path)
image_data = sitk.GetArrayFromImage(image)
return image_data
这样,如果您传入的文件路径以.gz结尾,程序会先进行解压缩,再读取图像数据。如果不是.gz结尾,则直接读取。希望对您有所帮助!
def load_nii_data(file_path): image = sitk.ReadImage(file_path) image_data = sitk.GetArrayFromImage(image) return image_data修改上述代码使其解压并以HDF5格式读取.nii文件
这是修改后的代码:
```
import h5py
import nibabel as nib
def load_nii_data(file_path):
# 解压 .nii.gz 文件
image = nib.load(file_path)
image_data = image.get_fdata()
# 将数据以 HDF5 格式保存
with h5py.File('data.h5', 'w') as f:
dset = f.create_dataset('image_data', data=image_data)
return image_data
```
这个函数将会解压以及读取一个 .nii.gz 文件,并且将数据保存成 HDF5 格式。你可以使用 `load_nii_data` 函数来加载数据。
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