解释这段代码img_itk = sitk.GetImageFromArray(image.astype(np.float32)) img_itk.SetSpacing((1, 1, 10)) prd_itk = sitk.GetImageFromArray(prediction.astype(np.float32)) prd_itk.SetSpacing((1, 1, 10)) lab_itk = sitk.GetImageFromArray(label.astype(np.float32)) lab_itk.SetSpacing((1, 1, 10)) sitk.WriteImage(prd_itk, test_save_path + case + "_pred.nii.gz") sitk.WriteImage(img_itk, test_save_path + case + "_img.nii.gz") sitk.WriteImage(lab_itk, test_save_path + case + "_gt.nii.gz")

时间: 2024-04-19 11:24:13 浏览: 227
这段代码用于将三维图像数据保存为NIfTI格式的文件。 首先,使用`sitk.GetImageFromArray()`函数将`image`数组转换为SimpleITK的图像对象`img_itk`。在转换过程中,将`image`数组的数据类型转换为`np.float32`,以确保图像数据的准确性和一致性。 接下来,使用`img_itk.SetSpacing()`函数设置图像的像素间距(spacing)。这里使用元组`(1, 1, 10)`设置了X、Y和Z轴方向上的像素间距,以便正确表示图像在物理空间中的尺寸和位置。 类似地,将`prediction`和`label`数组分别转换为SimpleITK的图像对象`prd_itk`和`lab_itk`,并设置它们的像素间距。 接下来,使用`sitk.WriteImage()`函数将预测结果、原始图像和真实标签分别保存为NIfTI格式的文件。这里使用`test_save_path + case + "_pred.nii.gz"`、`test_save_path + case + "_img.nii.gz"`和`test_save_path + case + "_gt.nii.gz"`作为保存路径,其中`test_save_path`是保存路径的前缀,`case`是一个与文件相关的标识符。 通过执行以上操作,三维图像数据将被保存为NIfTI格式的文件,以供后续的可视化、分析或其他处理使用。
相关问题

img_itk = sitk.GetImageFromArray(image.astype(np.float32))什么意思

这行代码的意思是将一个 NumPy 数组转换为 SimpleITK 图像对象。其中,image 是一个 NumPy 数组,astype(np.float32) 是将数组中的元素类型转换为 float32 类型。而 sitk 是 SimpleITK 库的别名,GetImageFromArray 是 SimpleITK 库中的一个函数,用于将 NumPy 数组转换为 SimpleITK 图像对象。

im = im[:, 0, :, :] image_nii = sitk.GetImageFromArray(im.cpu()) train_img_path = os.path.join(save_results_data,"train/img") sitk.WriteImage(image_nii, os.path.join(train_img_path, "UNet_" + str(name[0]) + '.nii.gz'))

这段代码的目的是将Numpy数组 `im` 转换为SimpleITK图像对象,并将其保存为NIfTI文件。 首先,通过 `im[:, 0, :, :]` 获取 `im` 数组的第一个通道子数组。 然后,使用 `sitk.GetImageFromArray(im.cpu())` 将Numpy数组转换为SimpleITK图像对象。其中 `cpu()` 是用于将张量从GPU内存转移到CPU内存(如果张量在GPU上)的方法。 接下来,将保存结果的路径和文件名组合起来,并使用 `sitk.WriteImage()` 方法将SimpleITK图像对象保存为NIfTI文件。这里使用了 `os.path.join()` 函数来构建文件路径。 整个代码的目的是将处理后的图像数据保存为NIfTI格式,以便后续使用或分析。
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这段代码在运行时import SimpleITK as sitkimport numpy as npimport os# 设置文件路径data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017/'save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017/'if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path)# 定义函数将3D图像保存为2D的.png格式def save_image_as_png(image, save_folder, name_prefix): for i in range(image.shape[2]): slice = np.squeeze(image[:, :, i]) slice = slice.astype(np.float32) slice *= 255.0/slice.max() slice = slice.astype(np.uint8) save_name = os.path.join(save_folder, name_prefix + '_' + str(i) + '.png') sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(slice), save_name)# 读取Training Batch 1中的图像image_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1/volume-0.nii')image = sitk.ReadImage(image_path)image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)save_folder = os.path.join(save_path, 'image')if not os.path.exists(save_folder): os.makedirs(save_folder)save_image_as_png(image_array, save_folder, 'img')# 读取Training Batch 2中的标签label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2/segmentation-0.nii')label = sitk.ReadImage(label_path)label_array = sitk.GetArrayFromImage(label)# 将标签转换为灰度图并保存label_array[label_array == 1] = 128label_array[label_array == 2] = 255save_folder = os.path.join(save_path, 'mask')if not os.path.exists(save_folder): os.makedirs(save_folder)save_image_as_png(label_array, save_folder, 'mask')会出现RuntimeWarning: divide by zero encountered in true_divide slice *= 255.0/slice.max()这种情况,修复它

给出相同功能的代码import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio from PIL import Image def read_niifile(niifilepath): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifilepath) # 提取niifile文件 img_fdata = img.get_fdata(dtype='float32') return img_fdata def save_fig(niifilepath, savepath, num, name): # 保存为图片 name = name.split('-')[1] filepath_seg = niifilepath + "segmentation\" + "segmentation-" + name filepath_vol = niifilepath + "volume\" + "volume-" + name savepath_seg = savepath + "segmentation\" savepath_vol = savepath + "volume\" if not os.path.exists(savepath_seg): os.makedirs(savepath_seg) if not os.path.exists(savepath_vol): os.makedirs(savepath_vol) fdata_vol = read_niifile(filepath_vol) fdata_seg = read_niifile(filepath_seg) (x, y, z) = fdata_seg.shape total = x * y for k in range(z): silce_seg = fdata_seg[:, :, k] if silce_seg.max() == 0: continue else: silce_seg = (silce_seg - silce_seg.min()) / (silce_seg.max() - silce_seg.min()) * 255 silce_seg = np.uint8(Image.fromarray(silce_seg).convert('L')) silce_seg = cv2.threshold(silce_seg, 1, 255, cv2.THRESH_BINARY)[1] if (np.sum(silce_seg == 255) / total) > 0.015: silce_vol = fdata_vol[:, :, k] silce_vol = (silce_vol - silce_vol.min()) / (silce_vol.max() - silce_vol.min()) * 255 silce_vol = np.uint8(Image.fromarray(silce_vol).convert('L')) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_seg, '{}.png'.format(num)), silce_seg) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_vol, '{}.png'.format(num)), silce_vol) num += 1 return num if name == 'main': path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017' savepath = r'C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017' filenames = os.listdir(path + "segmentation") num = 0 for filename in filenames: num = save_fig(path, savepath, num, filename)

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