(512,512,133)结果img = sitk.GetImageFromArray(vol)后变成(133,512,512),该怎么解决
时间: 2024-02-25 10:52:13 浏览: 76
这是由于SimpleITK中默认的图像坐标系与NumPy中不同导致的。可以使用SimpleITK中的Transpose方法来交换坐标轴,将Z轴放到第一维,解决这个问题。示例如下:
```
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
# 假设 vol 为原始的 (512, 512, 133) 的 NumPy 数组
vol = np.transpose(vol, (2, 0, 1)) # 将 Z 轴放到第一维
# 将 NumPy 数组转换为 SimpleITK 图像
img = sitk.GetImageFromArray(vol)
# 现在 img 的大小为 (133, 512, 512)
```
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解释这段代码img_itk = sitk.GetImageFromArray(image.astype(np.float32)) img_itk.SetSpacing((1, 1, 10)) prd_itk = sitk.GetImageFromArray(prediction.astype(np.float32)) prd_itk.SetSpacing((1, 1, 10)) lab_itk = sitk.GetImageFromArray(label.astype(np.float32)) lab_itk.SetSpacing((1, 1, 10)) sitk.WriteImage(prd_itk, test_save_path + case + "_pred.nii.gz") sitk.WriteImage(img_itk, test_save_path + case + "_img.nii.gz") sitk.WriteImage(lab_itk, test_save_path + case + "_gt.nii.gz")
这段代码用于将三维图像数据保存为NIfTI格式的文件。
首先,使用`sitk.GetImageFromArray()`函数将`image`数组转换为SimpleITK的图像对象`img_itk`。在转换过程中,将`image`数组的数据类型转换为`np.float32`,以确保图像数据的准确性和一致性。
接下来,使用`img_itk.SetSpacing()`函数设置图像的像素间距(spacing)。这里使用元组`(1, 1, 10)`设置了X、Y和Z轴方向上的像素间距,以便正确表示图像在物理空间中的尺寸和位置。
类似地,将`prediction`和`label`数组分别转换为SimpleITK的图像对象`prd_itk`和`lab_itk`,并设置它们的像素间距。
接下来,使用`sitk.WriteImage()`函数将预测结果、原始图像和真实标签分别保存为NIfTI格式的文件。这里使用`test_save_path + case + "_pred.nii.gz"`、`test_save_path + case + "_img.nii.gz"`和`test_save_path + case + "_gt.nii.gz"`作为保存路径,其中`test_save_path`是保存路径的前缀,`case`是一个与文件相关的标识符。
通过执行以上操作,三维图像数据将被保存为NIfTI格式的文件,以供后续的可视化、分析或其他处理使用。
img_itk = sitk.GetImageFromArray(image.astype(np.float32))什么意思
这行代码的意思是将一个 NumPy 数组转换为 SimpleITK 图像对象。其中,image 是一个 NumPy 数组,astype(np.float32) 是将数组中的元素类型转换为 float32 类型。而 sitk 是 SimpleITK 库的别名,GetImageFromArray 是 SimpleITK 库中的一个函数,用于将 NumPy 数组转换为 SimpleITK 图像对象。
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