save_nii, flat = dcm2nii(data_path_dcm, save_nii_path, paient_id)
时间: 2023-12-15 19:03:38 浏览: 25
这行代码中的 `dcm2nii` 是一个函数,用于将 DICOM 格式的医学影像转换为 NIfTI 格式,并保存为 .nii.gz 格式的文件。该函数接收三个参数,分别为 `data_path_dcm`、`save_nii_path` 和 `paient_id`,并返回两个值,分别为 转换后的 `.nii.gz` 文件路径和转换是否成功的标志 `flat`。
具体来说,`data_path_dcm` 表示包含 DICOM 文件的路径,`save_nii_path` 表示转换后的 `.nii.gz` 文件保存路径,`paient_id` 表示病人的 ID。函数将会读取 `data_path_dcm` 中的所有 DICOM 文件,并将它们转换为一个 NIfTI 格式的文件,然后将转换后的文件保存到 `save_nii_path` 中,并返回转换后的 `.nii.gz` 文件路径和转换是否成功的标志 `flat`,这两个值被分别赋值给了 `save_nii` 和 `flat` 变量。
相关问题
将dcm转换为nii
您可以使用一些开源工具将DICOM(.dcm)文件转换为NIfTI(.nii)格式。一个常用的工具是dcm2niix,它能够将DICOM文件夹转换为NIfTI格式。
首先,您需要下载并安装dcm2niix工具。您可以在以下网址找到它的下载链接:https://github.com/rordenlab/dcm2niix
安装完成后,您可以在命令行中使用以下命令将DICOM文件夹转换为NIfTI格式:
```
dcm2niix -o <输出目录> <DICOM文件夹路径>
```
请将 `<输出目录>` 替换为您希望保存NIfTI文件的目录路径,`<DICOM文件夹路径>` 替换为包含DICOM文件的文件夹路径。
执行命令后,dcm2niix将会将DICOM文件夹中的所有DICOM文件转换为NIfTI格式,并保存在指定的输出目录中。
请注意,dcm2niix还提供了许多其他选项,例如可以通过添加 `-z y` 选项进行压缩,或者使用 `-b y` 选项将输出文件命名为BIDS格式。您可以在dcm2niix的文档中找到更多详细信息。
希望这能帮到您!如果您有任何其他问题,请随时提问。
'dcm2nii' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序 或批处理文件。
这个问题通常是由于系统环境变量中没有包含"dcm2nii"命令的路径所致。你可以按照以下步骤解决这个问题:
1. 打开命令提示符(CMD.EXE)。
2. 输入以下命令并按回车键:
```shell
setx path "%path%;<dcm2nii的安装路径>"
```
请将`<dcm2nii的安装路径>`替换为实际的"dcm2nii"命令的安装路径。
3. 关闭并重新打开命令提示符,然后再次尝试运行"dcm2nii"命令。
这样应该就能解决"'dcm2nii' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件"的问题了。