Linux中dcm2nii批处理

在Linux中，`dcm2niix`是一个用于将DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) 格式的医学影像数据转换为NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) 格式的小工具。NIfTI是一种常用的神经影像数据存储格式。如果你需要批量处理大量的DICOM文件并将其转换为NIfTI，可以创建一个简单的bash脚本或者使用命令行参数来批量运行`dcm2niix`。

首先，你需要安装`dcm2niix`。你可以从其官方网站下载预编译的二进制包，或者通过包管理器如apt、yum等安装（如果是Ubuntu或Debian，可以用`sudo apt-get install dcm2niix`）。

然后，创建一个批处理脚本（例如名为`batch_convert.sh`），内容大致如下：

#!/bin/bash
# 检查当前目录下是否存在.dcm文件
for file in *.dcm; do
    # 使用绝对路径以确保正确找到dicom文件
    full_path=$(pwd)/$file
    # 将dicom转换成nifti
    dcm2niix -b y -f "%t_%s_%h" -o . $full_path
done

在这个脚本中，`-b y`表示保存原始的.bval和.bvec文件，`-f`选项指定了输出文件名的格式，`%t`, `%s`, `%h`分别代表系列ID、序列描述和患者ID。`-o .`指定输出到当前目录。

运行这个脚本只需在终端进入包含DICOM文件的目录，然后输入`./batch_convert.sh`即可开始批量转换。