mv "$file" "${file%.svg}.png"
时间: 2023-10-02 20:13:43 浏览: 39
这是一个 Bash 命令,作用是将一个 SVG 文件转换成同名的 PNG 文件。具体来说,`${file%.svg}` 表示去掉文件名后缀 `.svg`,然后再加上 `.png` 后缀,就得到了最终的文件名。`$file` 是一个变量,代表要转换的 SVG 文件名。整个命令使用双引号将文件名括起来,是为了防止文件名中含有空格等特殊字符导致命令执行出错。
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翻译代码############# new the scripts for alignments ,change format and show the alignments ############ if (($MappingSoft eq "mummer") or ($MappingSoft eq "nucmer")) { #mummer-4.0.0/bin/nucmer --mum --mincluster 500 -t 30 Ref.AAfa RefBB.fa -p OUT #mummer-4.0.0/bin/delta-filter -1 -i 90 -l 2000 OUT.delta > OUT.filter1.delta #mummer-4.0.0/bin/show-coords -c -r OUT.filter1.delta > OUT.filter1.coords if ($MappingPara eq "") {$MappingPara = "--mum --mincluster 500 ";} open (OUTSH,">$OutPrefix.mapping.sh") || die "input file can't open $!"; print OUTSH "$nucmer $MappingPara -t $NumThreads $OutPrefix.A.fa $OutPrefix.B.fa -p $OutPrefix \n"; print OUTSH "$deltaFilter -1 -i 90 -l $MinAlnLen $OutPrefix.delta > $OutPrefix.filter.delta \n"; print OUTSH "$showcoords -c -r $OutPrefix.filter.delta > $OutPrefix.filter.coords\n"; print OUTSH "perl $0 Coords2Link $OutPrefix.filter.coords $MinAlnLen $OutPrefix.link \n"; print OUTSH "$NGenomeSyn -InConf $OutPrefix.conf -OutPut $OutPrefix.svg \n"; close OUTSH; system ("sh $OutPrefix.mapping.sh "); } else { if ($MappingPara eq "") {$MappingPara = " -x asm5 "; } open (OUTSH,">$OutPrefix.mapping.sh") || die "input file can't open $!"; print OUTSH "$minimap2 $MappingPara -t $NumThreads $OutPrefix.B.fa $OutPrefix.A.fa > $OutPrefix.paf \n"; print OUTSH "perl $0 Paf2Link $OutPrefix.paf $MinAlnLen $OutPrefix.link \n"; print OUTSH "$NGenomeSyn -InConf $OutPrefix.conf -OutPut $OutPrefix.svg \n"; close OUTSH ; system ("sh $OutPrefix.mapping.sh "); } print "\tALL done, see the xxx.png . you can optimized drawing by [NGenomeSyn] software\n"; print "\t optimized: [Filter] and [Merge] small syn blocks to big syn block\n\n";
这段代码是一个 Perl 脚本,用于进行基因组比对分析。如果 MappingSoft 变量的值为 "mummer" 或 "nucmer",则执行以下步骤:调用 mummer-4.0.0/bin/nucmer 命令对两个基因组进行比对,并生成 .delta 文件;使用 mummer-4.0.0/bin/delta-filter 命令对 .delta 文件进行过滤,生成 .filter1.delta 文件;使用 mummer-4.0.0/bin/show-coords 命令对 .filter1.delta 文件进行格式转换,生成 .filter1.coords 文件;将 .filter1.coords 文件作为参数调用脚本本身($0)并传递参数 Coords2Link、$MinAlnLen、$OutPrefix.link,生成比对结果的可视化图形;最后使用 NGenomeSyn 软件对比对结果进行优化绘图,并输出 .svg 文件。
如果 MappingSoft 变量的值为其他字符串,则执行以下步骤:调用 minimap2 命令对两个基因组进行比对,并生成 .paf 文件;将 .paf 文件作为参数调用脚本本身($0)并传递参数 Paf2Link、$MinAlnLen、$OutPrefix.link,生成比对结果的可视化图形;最后使用 NGenomeSyn 软件对比对结果进行优化绘图,并输出 .svg 文件。
最后输出提示信息,告知比对分析完成,并生成了对应的可视化图形文件。同时提示用户可以使用 NGenomeSyn 软件对绘图进行优化。
Java png转svg
要将 PNG 转换为 SVG,需要使用特殊的工具或库。以下是使用 Java 实现 PNG 转换为 SVG 的步骤:
1. 使用 Java 的 ImageIO 类加载 PNG 图像。
2. 创建一个 BufferedImage 对象来存储图像。
3. 创建一个 Graphics2D 对象来处理图像。
4. 使用 VectorGraphics2D 库中的方法将图像绘制到 SVG 中。
5. 将 SVG 写入文件或输出流。
以下是一个示例代码,使用 Batik 库来实现 PNG 转换为 SVG:
```java
import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.File;
import javax.imageio.ImageIO;
import org.apache.batik.dom.svg.SVGDOMImplementation;
import org.apache.batik.svggen.SVGGraphics2D;
import org.w3c.dom.DOMImplementation;
import org.w3c.dom.Document;
public class PNGtoSVG {
public static void main(String[] args) throws Exception {
// Load PNG image
BufferedImage image = ImageIO.read(new File("input.png"));
// Create SVG document
DOMImplementation domImpl = SVGDOMImplementation.getDOMImplementation();
Document document = domImpl.createDocument(SVGDOMImplementation.SVG_NAMESPACE_URI, "svg", null);
SVGGraphics2D svg = new SVGGraphics2D(document);
// Draw PNG image to SVG
svg.drawImage(image, 0, 0, null);
// Write SVG to file
File output = new File("output.svg");
svg.stream(output.getWriter(), true);
}
}
```
注意,这个示例使用 Batik 库,需要将它添加到类路径中。
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