如何在blast输出结果中添加物种名称

要在blast输出结果中添加物种名称，可以使用blast的选项“-outfmt”来指定输出格式。其中，“-outfmt”选项可以指定多个字段，包括序列标识符、描述符、位点、匹配序列、物种名称等。

例如，可以使用以下命令行来运行blast，其中“6”表示输出结果为tabular格式，第一列为序列标识符，第二列为物种名称：

blastn -query input.fasta -db database.fasta -out output.txt -outfmt '6 qseqid staxids'

在输出文件中，每行的第一列为序列标识符，第二列为物种的NCBI Taxonomy ID（staxids）。可以使用NCBI的E-utilities工具将这些ID转换为物种名称。

例如，可以使用以下命令行将输出文件中的NCBI Taxonomy ID转换为物种名称：

esummary.fcgi -db taxonomy -id $(cut -f2 output.txt | sort -u | tr '\n' ',') | xtract -pattern DocumentSummary -element ScientificName > species.txt

这将使用E-utilities的esummary工具将NCBI Taxonomy ID转换为物种名称，并将结果保存在名为“species.txt”的文件中。