tcga数据整理r语言

TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据整理可以使用R语言进行。根据提供的引用内容，以下是整理TCGA数据的步骤：

1. 从GDC官网下载TCGA的临床信息和RNA表达矩阵数据文件（可以是JSON文件或TSV文件）。

2. 如果是JSON文件，需要安装并加载rjson包，并使用fromJSON函数读取JSON文件，并提取出文件名和样本ID的对应关系。

3. 如果是TSV文件，可以使用read.table函数读取TSV文件，并将文件名和样本ID的对应关系保存在一个数据框中。

4. 根据文件名和样本ID的对应关系，将样本ID与RNA表达矩阵数据中的行（样本）匹配，以获取带有样本名称的表达矩阵。

5. 可以选择性地去除缺失值，以得到完整的有临床信息的表达矩阵。

6. 将临床信息和表达矩阵合并为一个数据框，并进行必要的数据转置和重命名。

7. 最后，保存整理好的数据文件（例如，使用save函数将数据保存为Rdata文件）。