R语言整理TCGA表达谱
时间: 2023-11-28 20:05:01 浏览: 50
R语言可以使用TCGAbiolinks包来整理TCGA表达谱数据。首先需要下载TCGAbiolinks包和所需的数据文件,包括原始的se对象、临床信息、lncRNA和mRNA的counts、fpkm和tpm矩阵等。然后加载所需的R包,包括TCGAbiolinks、SummarizedExperiment和tidyverse。使用TCGAbiolinks包的函数可以将下载的数据整理成适合分析的格式,并进行基因差异表达分析等操作。需要注意的是,使用这种方法需要满足一些前提条件,包括TCGAbiolinks包的版本、数据下载方式、路径构建等。具体使用方法可以参考相关教程和文档。
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