在R中对TCGA基因表达谱根据barcode命名规则，提取样本匹配的正常样本和乳腺癌样本

在TCGA中，正常样本的barcode一般以"NT"开头，乳腺癌样本的barcode一般以"TCGA"开头。

可以使用以下代码来提取正常样本和乳腺癌样本：

# 导入TCGA数据
library(TCGAbiolinks)
query <- GDCquery(project = "TCGA-BRCA", data.category = "Transcriptome Profiling", 
                   data.type = "Gene Expression Quantification")
TCGA_data <- GDCprepare(query)

# 提取正常样本和乳腺癌样本
normal_samples <- TCGA_data$meta$sample_id[grep("^NT", TCGA_data$meta$sample_id)]
cancer_samples <- TCGA_data$meta$sample_id[grep("^TCGA", TCGA_data$meta$sample_id)]

# 查看结果
head(normal_samples)
head(cancer_samples)

其中，"TCGA-BRCA"是乳腺癌项目的名称，"Transcriptome Profiling"是数据类型，"Gene Expression Quantification"是数据格式。可以根据需要修改这些参数。