makeblastdb -dbtype prot in '/mnt/hgfs/H/DATA/Parvularcula_ncbi_dataset/P_dataset/all.fasta' -out parv USAGE makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type] -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids] [-hash_index] [-mask_data mask_data_files] [-mask_id mask_algo_ids] [-mask_desc mask_algo_descriptions] [-gi_mask] [-gi_mask_name gi_based_mask_names] [-out database_name] [-blastdb_version version] [-max_file_sz number_of_bytes] [-metadata_output_prefix ] [-logfile File_Name] [-taxid TaxID] [-taxid_map TaxIDMapFile] [-oid_masks oid_masks] [-version] DESCRIPTION Application to create BLAST databases, version 2.14.0+ Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments ======================================================================== Error: Too many positional arguments (1), the offending value: in Error: (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: in

根据你提供的命令行信息，你在尝试使用 NCBI Blast+ 工具中的 makeblastdb 命令创建一个蛋白质序列数据库，但是在命令中存在语法错误。正确的命令应该是：

makeblastdb -dbtype prot -in /mnt/hgfs/H/DATA/Parvularcula_ncbi_dataset/P_dataset/all.fasta -out parv

其中，`-dbtype prot` 表示创建的是蛋白质序列数据库，`-in` 指定输入的 FASTA 格式文件路径，`-out` 指定输出数据库的名称。

相关问题

blastp -query querry.fasta -db parv -out blast_outdir -evalue 1e-10 BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [parv] in search path [/mnt/hgfs/H/DATA/Parvularcula_ncbi_dataset:/var/lib/blastdb:]

根据您提供的信息，这个错误提示是因为您要查询的数据库（parv）在 BLAST 的搜索路径中没有找到相应的别名或索引文件。您需要确保数据库已经正确安装，并且已经构建了相应的别名和索引文件。

您可以尝试以下步骤来解决这个问题：

1. 确认您已经正确安装了数据库parv，并且已经将其放在BLAST搜索路径中。您可以使用以下命令来检查您的搜索路径：

echo $BLASTDB

2. 如果您已经正确安装了数据库parv，并且已经将其放在BLAST搜索路径中，但是仍然出现错误，请尝试重新构建alias和索引文件。您可以使用以下命令来构建：

makeblastdb -in parv.fasta -dbtype prot -out parv

其中，parv.fasta是您的数据库文件，-dbtype指定数据库类型，-out指定输出文件名。

3. 如果您已经重新构建了alias和索引文件，但是仍然出现错误，请尝试检查您的文件路径是否正确，或者尝试重新下载数据库文件并重复步骤2。

希望这些步骤可以帮助您解决问题。

classpath*:db-mapper/${main_dbtype:sqlite}/**/*.xml

这是一个MyBatis的配置文件，用于指定MyBatis的mapper文件所在的路径。其中，classpath*:表示在所有的classpath路径下查找，db-mapper是mapper文件所在的文件夹，${main_dbtype:sqlite}表示使用main_dbtype环境变量的值，如果没有设置则使用sqlite作为默认值，/**/*.xml表示查找所有的xml文件。这个配置文件可以让MyBatis自动扫描指定路径下的mapper文件，无需手动一个一个地添加。