Plot <- ggplot(table, aes(Sampling_day, value, fill=alpha)) + geom_boxplot() + theme_bw() + facet_wrap(~alpha,scales="free") + theme(legend.position="right") + ylab(paste0("Pielou's evenness")) + xlab(paste0("Time (Sampling_day)")) + ylab(paste0("Value")) + xlab(paste0("Time (Sampling_day)")) + ggtitle("Alpha Diversity Analysis")

这段代码使用了ggplot2包来绘制一个箱线图，其中x轴表示采样时间（Sampling_day），y轴表示皮洛氏均匀度（Pielou's evenness），箱线的颜色由alpha变量决定，通过facet_wrap函数将不同的alpha值分别绘制在不同的面板中，并且设置legend.position参数为“right”将图例放置在右侧。此外，还设置了图的标题为“Alpha Diversity Analysis”。

相关问题

plot4 <-ggplot(sums, aes(x = rownames(sums), y = sum(element_counts1,element_counts2,element_counts3,element_counts4))) + geom_bar(stat = "identity", fill = "pink") + geom_text(aes(label = Totol), vjust = -0.5) + xlab("feeling") + ylim(200,700)+ ylab("counting") + ggtitle("Feeling-Counting_1") + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1), plot.title = element_text(hjust = 0.5))

这是一个使用 ggplot2 库创建的示例图形。如果你想将它为 PDF 文件，可以使用以下步骤：

1. 创建一个新的 PDF 设备，并设置它的宽度和高度。

pdf("plot4.pdf", width = 8, height = 6)

上述代码将创建一个名为 "plot4.pdf" 的 PDF 文件，并设置它的宽度为 8 英寸，高度为 6 英寸。你可以根据需要调整这些尺寸。

2. 绘制图形。

plot4

3. 关闭 PDF 设备，保存文件。

dev.off()

完整的代码示例：

library(ggplot2)

# 创建一个示例数据框
sums <- data.frame(
  rownames = c("Feeling1", "Feeling2", "Feeling3"),
  element_counts1 = c(100, 200, 300),
  element_counts2 = c(150, 250, 350),
  element_counts3 = c(200, 300, 400),
  element_counts4 = c(250, 350, 450),
  Total = c(700, 1100, 1500)
)

# 创建图形
plot4 <- ggplot(sums, aes(x = rownames, y = sum(element_counts1, element_counts2, element_counts3, element_counts4))) +
  geom_bar(stat = "identity", fill = "pink") +
  geom_text(aes(label = Total), vjust = -0.5) +
  xlab("feeling") +
  ylim(200, 700) +
  ylab("counting") +
  ggtitle("Feeling-Counting_1") +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
        plot.title = element_text(hjust = 0.5))

# 创建 PDF 设备
pdf("plot4.pdf", width = 8, height = 6)

# 绘制图形
plot4

# 关闭 PDF 设备
dev.off()

当运行上述代码后，你将得到一个名为 "plot4.pdf" 的 PDF 文件，其中包含你的图形。你可以根据需要调整 PDF 文件的尺寸和图形的样式。

p_list <- list() for (i in 11) { res <- rcorr(data[,i], data[,i+11]) p_value <- signif(res$P[1,2], 2) cor_value <- round(res$r[1,2], 2) # 每次新建一个绘图数据框： data_new <- data[,c(i,i+11)] colnames(data_new) <- c("x", "y") p <- ggplot(data_new,aes(x = x, y = y))+ geom_point(color = "#988d7b")+ geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x, # 调整置信区间颜色： fill = "#b2e7fa", color = "#00aeef", alpha = 0.8)+ theme_bw()+ ylab(colnames(data)[i])+ theme( # 去除网格线： panel.grid = element_blank(), # 修改坐标轴标签 axis.title = element_text(face = "bold.italic"), # 标题居中： plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 10) )+ labs(title = paste0("r =", cor_value, ", q = ", p_value)) p_list[[i-1]] <- p }

这段代码中有一个问题：

1. 循环中的 `i` 只被赋值为了数字 `11`，应该将循环条件改为 `2:ncol(data)-11`，以便按顺序依次计算每列数据与后11列数据的相关系数，并绘制散点图。

修改后的代码如下：

data <- matrix(rnorm(100), ncol=12)

p_list <- list()
cor_value <- NULL
p_value <- NULL
for (i in 2:ncol(data)-11) {
  res <- rcorr(data[,i], data[,i+11])
  p_value <- signif(res$P[1,2], 2)
  cor_value <- round(res$r[1,2], 2)
  
  # 每次新建一个绘图数据框：
  data_new <- data[,c(i,i+11)]
  colnames(data_new) <- c("x", "y")
  
  p <- ggplot(data_new,aes(x = x, y = y))+
    geom_point(color = "#988d7b")+
    geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x,
                # 调整置信区间颜色：
                fill = "#b2e7fa", color = "#00aeef", alpha = 0.8)+
    theme_bw()+
    ylab(colnames(data)[i])+
    theme(
      # 去除网格线：
      panel.grid = element_blank(),
      # 修改坐标轴标签
      axis.title = element_text(face = "bold.italic"),
      # 标题居中：
      plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 10)
    )+
    labs(title = paste0("r =", cor_value, ", q = ", p_value))
  
  p_list[[i-1]] <- p
}

p_list

这个代码会随机生成一个100行12列的数据矩阵，并对每列数据与对应后11列数据进行相关系数计算并绘制散点图，最后将每次循环绘制的图存储在 `p_list` 列表中。