python做单变量Cox比例风险回归分析,选择与OS密切相关的变量,并保存为表格
时间: 2024-11-15 13:19:53 浏览: 63
在Python中,使用`survival`库(如` lifelines`)来进行单变量的Cox比例风险回归(Cox Proportional Hazards Regression)是一种常见的生存分析方法。这里我们假设已经安装了`lifelines`和`pandas`库。
首先,你需要导入所需的库并加载数据:
```python
import pandas as pd
from lifelines import CoxPHFitter
# 加载包含时间变量(Survival Time)和状态变量( censoring status)的数据
data = pd.read_csv('your_data.csv') # 替换为实际文件路径
X = data[['your_variable_of_interest']] # 替换为与OS密切相关的变量列名
y = (data['Survival_Time'], data['Status']) # 时间戳(Survival_Time)和事件发生情况(Status)
```
接下来,创建`CoxPHFitter`对象并拟合模型:
```python
cph = CoxPHFitter()
cph.fit(X, y, duration_col="Survival_Time", event_col="Status")
```
为了选择与生存结局(OS)最密切相关的变量,你可以查看模型的系数(coef_)和对应的P值(p_value),通常P值小于0.05被视为显著影响:
```python
print(cph.summary())
```
这个命令将输出包括各变量系数、P值和 hazard ratio(危险比)在内的摘要信息。
最后,如果你想把结果保存到CSV文件中,可以这样做:
```python
results_df = pd.DataFrame(cph.summary2(), columns=['Variable', 'Coefficient', 'Standard Error', 'z-statistic', 'P-value'])
results_df.to_csv('cox_regression_results.csv', index=False)
```
这将保存一个名为`cox_regression_results.csv`的表格文件,其中包含了你的分析结果。
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