python做单变量Cox比例风险回归分析,选择p<0.05的变量,并保存为表格
时间: 2024-11-15 19:19:54 浏览: 12
Cox比例风险模型的桥估计 (2012年)
在Python中,你可以使用`survival`库(如` lifelines`)来进行单变量Cox比例风险回归分析,这是一种常用的生存分析模型。这里是一个基本步骤:
首先,确保已经安装了所需的库,如果没有,可以使用以下命令安装:
```bash
pip install lifelines statsmodels pandas scikit-survival
```
然后,假设你有一个包含时间数据、状态数据(是否发生事件)以及一些特征的DataFrame,例如`df`:
```python
import pandas as pd
from lifelines import CoxPHFitter
import matplotlib.pyplot as plt
# 假设DataFrame的列名有'time', 'event', 'feature1', 'feature2'
cph = CoxPHFitter()
# 裁剪数据,只保留需要的列
data = df[['time', 'event', 'feature1']]
# 初始化并拟合模型
cph.fit(data, duration_col='time', event_col='event')
# 打印系数及其显著性水平
print(cph.summary)
# 获取显著性低于0.05的变量
significant_features = cph.cox_model_.coef_ < 0.05 # 如果系数小于0.05则认为是负向影响
significant_variables = data.columns[significant_features]
# 将结果保存为表格
result_table = pd.DataFrame({
'Feature': significant_variables,
'Coefficient': cph.cox_model_.coef_[significant_features],
'P-Value': cph.cox_model_.score_test(p_values=True)[significant_features]
})
result_table.to_csv('cox_regression_results.csv', index=False)
```
在这个例子中,`summary`会显示每个特征的系数、z值(估计的标准误差除以标准误)和P值。通过比较P值和阈值(0.05),你可以筛选出那些显著相关的变量。
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