DimPlot(pbmc_harmony196_inter_dataset_age_clustered2,label = T,cols = mycol, raster=FALSE)+Legend(“0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,61”)

时间: 2024-06-18 15:05:48 浏览: 217
ZIP

scRNAseq_pipelines:处理scRNA-seq数据的管道

DimPlot是一个R语言中Seurat包中的函数，用于绘制降维后的数据点图。其中pbmc_harmony196_inter_dataset_age_clustered2是数据集，label参数为TRUE表示将标签显示在图中，cols参数为自定义颜色，raster参数为FALSE表示不使用光栅化。同时，这里还加入了Legend函数，用于显示颜色对应的标签。其中“0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,61”表示颜色对应的标签。
阅读全文

相关推荐

zip

ArchR_2020:ArchR原稿2020的出版页面

ArchR：用于单细胞染色质可及性分析的集成且可扩展的... ArchR_PreProcess_Laptop_SimulatedPBMC_1M.R-用于1M模拟PBMC基准分析的代码。 ArchR_PreProcess_Laptop_LargeHeme_220k.R-大型造血基准分析的代码。 ArchR_Po
zip

SIMLR_PY:用于单细胞可视化和分析的SIMLR的Python实现

单反 这是在《自然方法》上发表的论文的python实现，该论文... 此外，SIMLR对通过10x Genomics的GemCode单细胞技术生成的高通量外周血单个核细胞（PBMC）数据集表现出高灵敏度和准确性。 实施方式 我们为大型单细胞RNA

Error in =>(1, PBMC_Pre) : invalid use of pipe bind symbol

In this case, it seems that the pipe operator was used incorrectly with the function call to PBMC_Pre. The error message suggests that there may be an issue with the placement or use of the pipe ...

Error in CreateSeuratObject(counts = scdata, project = "pbmc_t4", min.cells = 3, : could not find function "CreateSeuratObject"解决该报错

scdata (counts = scdata, project = "pbmc_t4", min.cells = 3) 确保scdata是一个合适的数据结构，比如它应该是一个包含基因表达数据的DataFrame，并且每一行代表一个细胞，每列代表一个基因。 如果以上...

pbmc68k_reduced

对不起，关于"pbmc68k_reduced"的具体信息我没有找到，它看起来像是某种特定领域（可能是计算机科学或某个特定项目）的术语，但没有足够的上下文来提供详细的解释。它可能是一个软件包、数据集、电路板设计或某种...

解释一下这行代码：sapply(x=strsplit(colnames(pbmc),split = '_'),Fun='[',1)

这行代码使用了R语言中的sapply函数，对pbmc数据集中的列名进行了操作。具体来说，代码中用strsplit函数将列名按照下划线分割成多个字符串，并将这些字符串保存在一个列表中。然后使用'['操作符，取出每个字符串列表...

"group_by"没有适用于"Seurat"目标对象的方法

在Seurat中，group_by并不是... AverageExpression(features_of_interest = c("marker_gene_1", "marker_gene_2")) 在这里，SplitByCluster函数模拟了group_by行为，允许你在不同的簇内执行聚合或其他分析。

> pbmc <- CreateSeuratObject(counts = exp_matrix) Error in CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features, : No cell names (colnames) names present in the input matrix是什么错误

这个错误表示在 exp_matrix 矩阵中没有细胞名称（也就是列名）。在 Seurat 中，每个细胞都需要有一个...pbmc (counts = exp_matrix, col.names = cell_names) 其中 cell_names 是一个包含每个细胞名称的向量。

pbmc <- CreateSeuratObject(counts = exp_matrix) Error in CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features, : No cell names (colnames) names present in the input matrix是什么错误，怎么解决

这个错误提示意味着你的输入矩阵缺少列名（cell names），因此 Seurat 无法为每个细胞分配相应的...colnames(exp_matrix) ("cell1", "cell2", "cell3", ...) 请注意，列名必须与你的实际数据集中的细胞数量匹配。

> genes <- read.table("genes.tsv", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) > barcodes <- read.table("barcodes.tsv", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) > matrix <- readMM("matrix.mtx") > exp_matrix <- Matrix::t(as.data.frame(as.matrix(matrix))) > rownames(exp_matrix) <- genes$V2 > colnames(exp_matrix) <- barcodes$V1 > pbmc <- CreateSeuratObject(counts = exp_matrix, project = "pbmc", assay = "RNA") Error in CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features, : No cell names (colnames) names present in the input matrix，是什么错误，怎么解决

2. 检查matrix.mtx文件是否存在，并且文件路径是否正确。 3. 检查genes.tsv和barcodes.tsv文件中是否有正确的列名。 4. 检查matrix.mtx文件是否以正确的格式存储了数据。 如果以上步骤都没有解决问题，你...

pbmc.markers%>%

pbmc.markers %>% 是 R 语言中的管道操作符 %>% 应用于单细胞测序数据处理（Single Cell RNA-seq analysis）中的 Bioconductor 包 Seurat 或类似工具包（如 scran、monocle3 等）中的一个常见操作。pbmc...

下面的代码是干什么用的，请生成说明注释，同时还有什么改进： 【ax2.plot(time, pcs[:, 0], color="k", linewidth=2, linestyle="--")】

legend_fontsize=12, legend_fontoutline=2, # 关闭背景框架 frameon=False, # 给图像添加标题 title='clustering of cells', # 使用预定义的颜色方案Set1 palette='Set1') 另一部分代码针对两个难...

用r，filtered_gene_bc_matrices中是2,700个PBMCs的单细胞转录组数据，请根据genes.tsv和barcodes.tsv信息将稀疏矩阵matrix.mtx转换成表达矩阵。对表达矩阵进行主成分分析(PCA)，并画出第一、第二主成分。

pbmc (pbmc, npcs = 30, verbose = FALSE) # 提取主成分信息并画图 PCA_data (pbmc@reductions$PCA) p (data = PCA_data, aes(x = PC1, y = PC2)) + geom_point(aes(color = pbmc@meta.data$orig.ident), size = 3...

PBMC scATAC-seq数据获取

PBMC（外周血单个核细胞）scATAC-seq（单细胞ATAC测序）是一种用于分析单个细胞中染色质可及性区域的高通量测序技术。这种技术可以帮助研究人员了解细胞类型特异性的基因表达调控和染色质结构变化，是研究细胞分化、...

PBMC亚群分类标志物

PBMC（外周血单个核细胞）是指单个血细胞核细胞，包括T细胞、B细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞等多种亚群。以下是一些常见的PBMC亚群分类标志物： 1. CD3：T细胞的标志物，包括CD4+ T细胞和CD8+ T细胞。 ...

pbmc.data[c("CD3D", "TCL1A", "MS4A1"), 1:10]

根据您提供的代码，假设pbmc.data是一个包含细胞数据的数据框。您想提取其中列名为"CD3D"、"TCL1A"和"MS4A1"的列，并且只显示每列的前10行数据。 以下是您所需的结果： R CD3D TCL1A MS4A1 1 0 4 3 2 2 3 6 3 ...

使用clustree来找到潜在的聚类

1. 首先，你需要有一个经过聚类处理的 Seurat 对象，例如 seurat_harmony_v4 或者 seurat_pbmc3k 等。 2. 如果你已经在 seurat_harmony_v4 中应用了 FindClusters，那么它的结果应该已经是层次聚类形式的...
pdf

小细胞肺癌免疫治疗临床和基础研究现状_杨纪华_综述_焦顺昌_审校参考.pdf

过继性免疫治疗涉及到将经过修饰或激活的免疫细胞，如T细胞或树突状细胞（Dendritic Cells, DCs），回输到患者体内，以增强对肿瘤细胞的攻击能力。例如，INGN-225（Ad.p53-DC）是一种基于自体PBMC的疫苗，通过基因...
zip

matlabami代码-RA3_source:“单细胞表观遗传学表征的参考指导方法”中结果再现的源代码

plot_case_pbmc.R 图 2d 和补充图 2cg plot_fig3_scatter.R 图 3 run_clustering_RA3.py RA3的聚类 plot_fig3-2_AMI_bar.R 图 4a 和补充图 6a plot_fig4_AMI_line.R 图 4b 和补充图 6b plot_bar_ragi.R 图 4c ...

最新推荐

recommend-type

Jupyter_关于长期序列预测NeurIPS 2021的自耦分解变压器的代码发布.zip

Jupyter-Notebook
recommend-type

高清艺术文字图标资源，PNG和ICO格式免费下载

资源摘要信息:"艺术文字图标下载" 1. 资源类型及格式：本资源为艺术文字图标下载，包含的图标格式有PNG和ICO两种。PNG格式的图标具有高度的透明度以及较好的压缩率，常用于网络图形设计，支持24位颜色和8位alpha透明度，是一种无损压缩的位图图形格式。ICO格式则是Windows操作系统中常见的图标文件格式，可以包含不同大小和颜色深度的图标，通常用于桌面图标和程序的快捷方式。 2. 图标尺寸：所下载的图标尺寸为128x128像素，这是一个标准的图标尺寸，适用于多种应用场景，包括网页设计、软件界面、图标库等。在设计上，128x128像素提供了足够的面积来展现细节，而大尺寸图标也可以方便地进行缩放以适应不同分辨率的显示需求。 3. 下载数量及内容：资源提供了12张艺术文字图标。这些图标可以用于个人项目或商业用途，具体使用时需查看艺术家或资源提供方的版权声明及使用许可。在设计上，艺术文字图标融合了艺术与文字的元素，通常具有一定的艺术风格和创意，使得图标不仅具备标识功能，同时也具有观赏价值。 4. 设计风格与用途：艺术文字图标往往具有独特的设计风格，可能包括手绘风格、抽象艺术风格、像素艺术风格等。它们可以用于各种项目中，如网站设计、移动应用、图标集、软件界面等。艺术文字图标集可以在视觉上增加内容的吸引力，为用户提供直观且富有美感的视觉体验。 5. 使用指南与版权说明：在使用这些艺术文字图标时，用户应当仔细阅读下载页面上的版权声明及使用指南，了解是否允许修改图标、是否可以用于商业用途等。一些资源提供方可能要求在使用图标时保留作者信息或者在产品中适当展示图标来源。未经允许使用图标可能会引起版权纠纷。 6. 压缩文件的提取：下载得到的资源为压缩文件，文件名称为“8068”，意味着用户需要将文件解压缩以获取里面的PNG和ICO格式图标。解压缩工具常见的有WinRAR、7-Zip等，用户可以使用这些工具来提取文件。 7. 具体应用场景：艺术文字图标下载可以广泛应用于网页设计中的按钮、信息图、广告、社交媒体图像等；在应用程序中可以作为启动图标、功能按钮、导航元素等。由于它们的尺寸较大且具有艺术性，因此也可以用于打印材料如宣传册、海报、名片等。 通过上述对艺术文字图标下载资源的详细解析，我们可以看到，这些图标不仅是简单的图形文件，它们集合了设计美学和实用功能，能够为各种数字产品和视觉传达带来创新和美感。在使用这些资源时，应遵循相应的版权规则，确保合法使用，同时也要注重在设计时根据项目需求对图标进行适当调整和优化，以获得最佳的视觉效果。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本：布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学，1996年。法语。NNT：电话：00345357HAL ID：电话：00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆，用于存放和传播科学研究论文，无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构，也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

DMA技术：绕过CPU实现高效数据传输

![DMA技术：绕过CPU实现高效数据传输](https://res.cloudinary.com/witspry/image/upload/witscad/public/content/courses/computer-architecture/dmac-functional-components.png) # 1. DMA技术概述 DMA（直接内存访问）技术是现代计算机架构中的关键组成部分，它允许外围设备直接与系统内存交换数据，而无需CPU的干预。这种方法极大地减少了CPU处理I/O操作的负担，并提高了数据传输效率。在本章中，我们将对DMA技术的基本概念、历史发展和应用领域进行概述，为读
recommend-type

SGM8701电压比较器如何在低功耗电池供电系统中实现高效率运作？

SGM8701电压比较器的超低功耗特性是其在电池供电系统中高效率运作的关键。其在1.4V电压下工作电流仅为300nA，这种低功耗水平极大地延长了电池的使用寿命，尤其适用于功耗敏感的物联网(IoT)设备，如远程传感器节点。SGM8701的低功耗设计得益于其优化的CMOS输入和内部电路，即使在电池供电的设备中也能提供持续且稳定的性能。 参考资源链接：[SGM8701：1.4V低功耗单通道电压比较器](https://wenku.csdn.net/doc/2g6edb5gf4?spm=1055.2569.3001.10343) 除此之外，SGM8701的宽电源电压范围支持从1.4V至5.5V的电
recommend-type

mui框架HTML5应用界面组件使用示例教程

资源摘要信息:"HTML5基本类模块V1.46例子（mui角标+按钮+信息框+进度条+表单演示）-易语言" 描述中的知识点: 1. HTML5基础知识：HTML5是最新一代的超文本标记语言，用于构建和呈现网页内容。它提供了丰富的功能，如本地存储、多媒体内容嵌入、离线应用支持等。HTML5的引入使得网页应用可以更加丰富和交互性更强。 2. mui框架：mui是一个轻量级的前端框架，主要用于开发移动应用。它基于HTML5和JavaScript构建，能够帮助开发者快速创建跨平台的移动应用界面。mui框架的使用可以使得开发者不必深入了解底层技术细节，就能够创建出美观且功能丰富的移动应用。 3. 角标+按钮+信息框+进度条+表单元素：在mui框架中，角标通常用于指示未读消息的数量，按钮用于触发事件或进行用户交互，信息框用于显示临时消息或确认对话框，进度条展示任务的完成进度，而表单则是收集用户输入信息的界面组件。这些都是Web开发中常见的界面元素，mui框架提供了一套易于使用和自定义的组件实现这些功能。 4. 易语言的使用：易语言是一种简化的编程语言，主要面向中文用户。它以中文作为编程语言关键字，降低了编程的学习门槛，使得编程更加亲民化。在这个例子中，易语言被用来演示mui框架的封装和使用，虽然描述中提到“如何封装成APP，那等我以后再说”，暗示了mui框架与移动应用打包的进一步知识，但当前内容聚焦于展示HTML5和mui框架结合使用来创建网页应用界面的实例。 5. 界面美化源码：文件的标签提到了“界面美化源码”，这说明文件中包含了用于美化界面的代码示例。这可能包括CSS样式表、JavaScript脚本或HTML结构的改进，目的是为了提高用户界面的吸引力和用户体验。 压缩包子文件的文件名称列表中的知识点: 1. mui表单演示.e：这部分文件可能包含了mui框架中的表单组件演示代码，展示了如何使用mui框架来构建和美化表单。表单通常包含输入字段、标签、按钮和其他控件，用于收集和提交用户数据。 2. mui角标+按钮+信息框演示.e：这部分文件可能展示了mui框架中如何实现角标、按钮和信息框组件，并进行相应的事件处理和样式定制。这些组件对于提升用户交互体验至关重要。 3. mui进度条演示.e：文件名表明该文件演示了mui框架中的进度条组件，该组件用于向用户展示操作或数据处理的进度。进度条组件可以增强用户对系统性能和响应时间的感知。 4. html5标准类1.46.ec：这个文件可能是核心的HTML5类库文件，其中包含了HTML5的基础结构和类定义。"1.46"表明这是特定版本的类库文件，而".ec"文件扩展名可能是易语言项目中的特定格式。 总结来说，这个资源摘要信息涉及到HTML5的前端开发、mui框架的界面元素实现和美化、易语言在Web开发中的应用，以及如何利用这些技术创建功能丰富的移动应用界面。通过这些文件和描述，可以学习到如何利用mui框架实现常见的Web界面元素，并通过易语言将这些界面元素封装成移动应用。
recommend-type

"互动学习：行动中的多样性与论文攻读经历"

多样性她- 事实上SCI NCES你的时间表ECOLEDO C Tora SC和NCESPOUR l’Ingén学习互动，互动学习以行动为中心的强化学习学会互动，互动学习，以行动为中心的强化学习计算机科学博士论文于2021年9月28日在Villeneuve d'Asq公开支持马修·瑟林评审团主席法布里斯·勒菲弗尔阿维尼翁大学教授论文指导奥利维尔·皮耶昆谷歌研究教授：智囊团论文联合主任菲利普·普雷教授，大学。里尔/CRISTAL/因里亚报告员奥利维耶·西格德索邦大学报告员卢多维奇·德诺耶教授，Facebook /索邦大学审查员越南圣迈IMT Atlantic高级讲师邀请弗洛里安·斯特鲁布博士，Deepmind对于那些及时看到自己错误的人...3谢谢你首先，我要感谢我的两位博士生导师Olivier和Philippe。奥利维尔，"站在巨人的肩膀上"这句话对你来说完全有意义了。从科学上讲，你知道在这篇论文的（许多）错误中，你是我可以依
recommend-type

【数据传输高速公路】：总线系统的深度解析

![计算机组成原理知识点](https://img-blog.csdnimg.cn/6ed523f010d14cbba57c19025a1d45f9.png) # 1. 总线系统概述 在计算机系统和电子设备中，总线系统扮演着至关重要的角色。它是一个共享的传输介质，用于在组件之间传递数据和控制信号。无论是单个芯片内部的互连，还是不同设备之间的通信，总线技术都是不可或缺的。为了实现高效率和良好的性能，总线系统必须具备高速传输能力、高效的数据处理能力和较高的可靠性。 本章节旨在为读者提供总线系统的初步了解，包括其定义、历史发展、以及它在现代计算机系统中的应用。我们将讨论总线系统的功能和它在不同层
recommend-type

如何结合PID算法调整PWM信号来优化电机速度控制？请提供实现这一过程的步骤和代码示例。

为了优化电机的速度控制，结合PID算法调整PWM信号是一种常见且有效的方法。这里提供一个具体的实现步骤和代码示例，帮助你深入理解这一过程。 参考资源链接：[Motor Control using PWM and PID](https://wenku.csdn.net/doc/6412b78bbe7fbd1778d4aacb?spm=1055.2569.3001.10343) 首先，确保你已经有了一个可以输出PWM波形的硬件接口，例如Arduino或者其他微控制器。接下来，你需要定义PID控制器的三个主要参数：比例（P）、积分（I）、微分（D），这些参数决定了控制器对误差的响应速度和方式。
recommend-type

Vue.js开发利器：chrome-vue-devtools插件解析

资源摘要信息:"Vue.js Devtools 是一款专为Vue.js开发设计的浏览器扩展插件，可用于Chrome浏览器。这个插件是开发Vue.js应用时不可或缺的工具之一，它极大地提高了开发者的调试效率。Vue.js Devtools能够帮助开发者在Chrome浏览器中直接查看和操作Vue.js应用的组件树，观察组件的数据变化，以及检查路由和Vuex的状态。通过这种直观的调试方式，开发者可以更加深入地理解应用的行为，快速定位和解决问题。这个工具支持Vue.js的版本2和版本3，并且随着Vue.js的更新不断迭代，以适应新的特性和调试需求。" 知识点： 1. Vue.js Devtools定义： - Vue.js Devtools是用于调试Vue.js应用程序的浏览器扩展工具。 - 它是一个Chrome插件，但也存在其他浏览器（如Firefox）的版本。 2. 功能特性： - 组件树结构展示：Vue.js Devtools可以显示应用中所有的Vue组件，并以树状图的形式展现它们的层级和关系。 - 组件数据监控：开发者可以实时查看组件内的数据状态，包括prop、data、computed等。 - 事件监听：可以查看和触发组件上的事件。 - 路由调试：能够查看当前的路由状态，以及路由变化的历史记录。 - Vuex状态管理：如果使用Vuex进行状态管理，Vue.js Devtools可以帮助调试状态树，查看和修改state，以及跟踪mutations和actions。 3. 使用场景： - 在开发阶段进行调试，帮助开发者了解应用内部工作原理。 - 生产环境问题排查，通过复现问题时使用Vue.js Devtools快速定位问题所在。 - 教学和学习，作为学习Vue.js和理解组件驱动开发的辅助工具。 4. 安装和更新： - 通过Chrome网上应用店搜索并安装Vue.js Devtools。 - 插件会定期更新，以保持与Vue.js的兼容性和最新的特性支持。 5. 兼容性： - 通常支持主流的Vue.js版本，包括Vue.js 2.x和3.x。 - 适用于大多数现代浏览器。 6. 开发背景： - Vue.js Devtools由社区开发和维护，它不是Vue.js官方产品，但得到了广大Vue.js社区的认可和支持。 - 随着Vue.js版本的迭代，社区会不断优化和增加Vue.js Devtools的新功能，以满足开发者日益增长的调试需求。 7. 技术实现： - Vue.js Devtools利用浏览器提供的调试接口和Vue.js自身的调试能力，构建了一个用户友好的界面。 - 它通过Vue.js实例的$vm属性访问组件实例，从而读取和修改组件的数据和方法。 8. 社区支持： - 在使用过程中遇到问题可以参考社区论坛、GitHub仓库中的issue或文档。 - 社区活跃，经常会有新的开发者贡献代码或提供问题解决方案。 通过使用Vue.js Devtools，开发者可以更加高效地进行问题定位、性能优化和代码调试，是提升Vue.js应用开发和维护效率的强力工具。