解释一下这行代码:sapply(x=strsplit(colnames(pbmc),split = '_'),Fun='[',1)

时间: 2024-01-18 16:04:28 浏览: 29
这行代码使用了R语言中的sapply函数,对pbmc数据集中的列名进行了操作。具体来说,代码中用strsplit函数将列名按照下划线分割成多个字符串,并将这些字符串保存在一个列表中。然后使用'['操作符,取出每个字符串列表中的第一个元素,也就是每个列名中下划线前面的部分,最后将这些元素组成一个向量并返回。换句话说,这行代码的作用是提取pbmc数据集中每个列名中下划线前面的部分,返回一个向量。
相关问题

id = toupper(sapply(strsplit(srcFile, '[_.]'), '[[', 1)) 翻译成python

代码翻译成 Python 的形式为: id = ''.join([word.split('.')[].split('_')[].upper() for word in srcFile.split('/')])

brier_efron <- function(y_train_true, y_train_pred, y_newdata, y_newdata_pred, times){ baseline <- base_efron(y_train_true, y_train_pred) y_newdata <- data.frame(y_newdata) colnames(y_newdata) = c("time","event") new_index <- order(y_newdata$time) y_newdata <- y_newdata[new_index,] y_newdata_pred <- y_newdata_pred[new_index,] Y_x = sapply(times, function(x){as.integer(y_newdata$time > x)}) ipcw <- pec::ipcw(formula = as.formula(Surv(time, event) ~ 1), data = y_newdata, method = "marginal", times = times, subjectTimes = y_newdata$time, subjectTimesLag = 1) G_t = ipcw$IPCW.times G_x = ipcw$IPCW.subjectTimes W_x = matrix(NA, nrow = nrow(y_newdata), ncol = length(times)) for (t in 1:length(times)) { W_x[,t] = (1-Y_x[,t])*y_newdata$event/G_x + Y_x[,t]/G_t[t] } Lambda_t = sapply(times, function(x){baseline$cumhazard$hazard[sum(baseline$cumhazard$time <= x)] }) S_x = exp(-1 * exp(y_newdata_pred) %*% matrix(Lambda_t, nrow = 1)) BS_t = sapply(1:length(times), function(x) {mean(W_x[,x] * (Y_x[,x] - S_x[,x])^2)}) return(list(bs = data.frame(time=times, bs=BS_t))) } 改成python代码

以下是将R代码转换为Python代码的版本: ```python import numpy as np import pandas as pd from lifelines import CoxPHFitter from lifelines.utils import concordance_index from lifelines import KaplanMeierFitter def brier_efron(y_train_true, y_train_pred, y_newdata, y_newdata_pred, times): baseline = base_efron(y_train_true, y_train_pred) y_newdata = pd.DataFrame(y_newdata, columns=["time", "event"]) y_newdata = y_newdata.sort_values(by="time") y_newdata_pred = y_newdata_pred[y_newdata.index] Y_x = np.zeros((len(y_newdata), len(times))) for i, x in enumerate(times): Y_x[:, i] = np.where(y_newdata["time"] > x, 1, 0) kmf = KaplanMeierFitter().fit(y_newdata["time"], event_observed=y_newdata["event"]) G_t = kmf.survival_function_at_times(times).values.flatten() G_x = kmf.predict(y_newdata["time"]).values.flatten() W_x = np.zeros((len(y_newdata), len(times))) for t in range(len(times)): W_x[:, t] = (1 - Y_x[:, t]) * y_newdata["event"] / G_x + Y_x[:, t] / G_t[t] Lambda_t = [baseline.baseline_hazard_[baseline.baseline_survival_.index(baseline.baseline_survival_.index <= x)].sum() for x in times] S_x = np.exp(-np.exp(y_newdata_pred) @ np.array(Lambda_t)) BS_t = [np.mean(W_x[:, x] * (Y_x[:, x] - S_x[:, x])**2) for x in range(len(times))] return pd.DataFrame({"time": times, "bs": BS_t}) ``` 请注意,这个转换过程中使用了lifelines库,该库提供了在Python中进行生存分析的功能。因此,你需要在运行代码之前确保已安装lifelines库。另外,请注意在Python中的一些细微差异,例如使用`pd.DataFrame`来创建数据框,使用`@`来进行矩阵乘法等。

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base_efron <- function(y_test, y_test_pred) { time = y_test[,1] event = y_test[,2] y_pred = y_test_pred n = length(time) sort_index = order(time, decreasing = F) time = time[sort_index] event = event[sort_index] y_pred = y_pred[sort_index] time_event = time * event unique_ftime = unique(time[event!=0]) m = length(unique_ftime) tie_count = as.numeric(table(time[event!=0])) ind_matrix = matrix(rep(time, times = length(time)), ncol = length(time)) - t(matrix(rep(time, times = length(time)), ncol = length(time))) ind_matrix = (ind_matrix == 0) ind_matrix[ind_matrix == TRUE] = 1 time_count = as.numeric(cumsum(table(time))) ind_matrix = ind_matrix[time_count,] tie_haz = exp(y_pred) * event tie_haz = ind_matrix %*% matrix(tie_haz, ncol = 1) event_index = which(tie_haz!=0) tie_haz = tie_haz[event_index,] cum_haz = (ind_matrix %*% matrix(exp(y_pred), ncol = 1)) cum_haz = rev(cumsum(rev(cum_haz))) cum_haz = cum_haz[event_index] base_haz = c() j = 1 while(j < m+1) { l = tie_count[j] J = seq(from = 0, to = l-1, length.out = l)/l Dm = cum_haz[j] - J*tie_haz[j] Dm = 1/Dm Dm = sum(Dm) base_haz = c(base_haz, Dm) j = j+1 } base_haz = cumsum(base_haz) base_haz_all = unlist( sapply(time, function(x){ if else( sum(unique_ftime <= x) == 0, 0, base_haz[ unique_ftime==max(unique_ftime[which(unique_ftime <= x)])])}), use.names = F) if (length(base_haz_all) < length(time)) { base_haz_all <- c(rep(0, length(time) - length(base_haz_all)), base_haz_all) } return(list(cumhazard = unique(data.frame(hazard=base_haz_all, time = time)), survival = unique(data.frame(surv=exp(-base_haz_all), time = time)))) }改成python代码

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