getwd() ABC <- read.csv("D:/大一/科研/AB/ABC.csv") head(ABC) dim(ABC) ABC_subset <- ABC[, sapply(ABC, is.numeric)] ABC_1 <- ABC[rowSums(ABC_subset) != 0, ] dim(ABC_1) group <- read_csv("D:/大一/科研/AB/group.csv") group colnames(ABC_1) == group$id library(DESeq2) ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) group$id<- as.factor(group$id) group$dex<- as.factor(group$dex) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) dds<-DESeq(dds) res<-results(dds) head(res) class(res) res_1<-data.frame(res) class(res_1) head(res_1) write.csv(res_1,file="D:/大一/科研/AB/final result.csv") colnames(ABC_1) == group$id [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE Warning message: In colnames(ABC_1) == group$id : longer object length is not a multiple of shorter object length > library(DESeq2) > ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) Warning message: In lapply(X = X, FUN = FUN, ...) : NAs introduced by coercion > group$id<- as.factor(group$id) > group$dex<- as.factor(group$dex) > dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) Error in DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex) : 不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE
时间: 2024-04-11 18:28:06 浏览: 20
根据错误信息,显示在创建`DESeqDataSet`对象时发生了错误。错误信息是"不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE"。
这意味着你的计数数据和元数据的列数不匹配。`countData`应该是一个矩阵或数据框,其中的列数应该与`colData`的行数相匹配。
为了解决这个问题,你需要检查一下`ABC_1`和`group`数据框的列数是否一致。确保它们具有相同的列数。
你可以使用以下代码检查列数:
```R
ncol(ABC_1)
ncol(group)
```
如果它们的列数不一致,你需要确保它们具有相同的列数才能创建`DESeqDataSet`对象。
如果还有其他问题,请随时提问。
相关问题
getwd() ABC <- read.csv("D:/大一/科研/AB/ABC.csv")怎么把ABC转换为数值型
要将读取的数据框 `ABC` 转换为数值型,你可以使用 `as.numeric()` 函数。但在转换之前,需要先确定数据框中的哪些列应该是数值型的。
以下是一个示例代码,展示如何读取 CSV 文件并将其中的列转换为数值型:
```R
# 设置工作目录
setwd("D:/大一/科研/AB")
# 读取 CSV 文件
ABC <- read.csv("ABC.csv")
# 将需要转换的列索引存储到一个向量中
numeric_cols <- c(2, 3, 4) # 假设第2、3、4列是数值型的
# 循环遍历需要转换的列,并将其转换为数值型
for (col in numeric_cols) {
ABC[, col] <- as.numeric(ABC[, col])
}
# 输出结果
print(ABC)
```
在上面的示例代码中,首先使用 `setwd()` 函数设置工作目录为文件所在的路径。然后使用 `read.csv()` 函数读取 CSV 文件,并将其存储在 `ABC` 数据框中。
接下来,我们将需要转换为数值型的列索引存储在向量 `numeric_cols` 中。根据你的具体数据,将索引调整为相应的列号。
然后,我们使用一个循环遍历 `numeric_cols` 中的每个索引,将对应列的数据转换为数值型,使用 `as.numeric()` 函数。
最后,我们输出转换后的数据框 `ABC`。
请确保在运行代码之前,确认文件路径和列索引的正确性。如果还有其他问题,请随时提问。
ABC <- read.csv("D:/大一/科研/AB/ABC.csv",row.names=2)
你已经读取了名为"ABC.csv"的文件,并将其保存到了名为`ABC`的数据框中。该文件位于"D:/大一/科研/AB/"目录下,并且使用第二列作为行名字。
如果没有出现错误,`ABC`数据框应该已经成功创建。你可以通过打印数据框的前几行来确认数据是否正确读取:
```R
head(ABC)
```
这将显示`ABC`数据框的前几行内容。
如果你还有其他问题,请随时提问。