getwd() ABC <- read.csv("D:/大一/科研/AB/ABC.csv") head(ABC) dim(ABC) ABC_subset <- ABC[, sapply(ABC, is.numeric)] ABC_1 <- ABC[rowSums(ABC_subset) != 0, ] dim(ABC_1) group <- read_csv("D:/大一/科研/AB/group.csv") group colnames(ABC_1) == group$id library(DESeq2) ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) group$id<- as.factor(group$id) group$dex<- as.factor(group$dex) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) dds<-DESeq(dds) res<-results(dds) head(res) class(res) res_1<-data.frame(res) class(res_1) head(res_1) write.csv(res_1,file="D:/大一/科研/AB/final result.csv") colnames(ABC_1) == group$id [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE Warning message: In colnames(ABC_1) == group$id : longer object length is not a multiple of shorter object length > library(DESeq2) > ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) Warning message: In lapply(X = X, FUN = FUN, ...) : NAs introduced by coercion > group$id<- as.factor(group$id) > group$dex<- as.factor(group$dex) > dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) Error in DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex) : 不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE
时间: 2024-04-11 15:28:06 浏览: 132
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根据错误信息,显示在创建`DESeqDataSet`对象时发生了错误。错误信息是"不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE"。
这意味着你的计数数据和元数据的列数不匹配。`countData`应该是一个矩阵或数据框,其中的列数应该与`colData`的行数相匹配。
为了解决这个问题,你需要检查一下`ABC_1`和`group`数据框的列数是否一致。确保它们具有相同的列数。
你可以使用以下代码检查列数:
```R
ncol(ABC_1)
ncol(group)
```
如果它们的列数不一致,你需要确保它们具有相同的列数才能创建`DESeqDataSet`对象。
如果还有其他问题,请随时提问。
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