ABC <- read.csv("D:/大一/科研/AB/ABC.csv",row.names=2)

你已经读取了名为"ABC.csv"的文件，并将其保存到了名为`ABC`的数据框中。该文件位于"D:/大一/科研/AB/"目录下，并且使用第二列作为行名字。

如果没有出现错误，`ABC`数据框应该已经成功创建。你可以通过打印数据框的前几行来确认数据是否正确读取：

head(ABC)

这将显示`ABC`数据框的前几行内容。

如果你还有其他问题，请随时提问。

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getwd() ABC <- read.csv("D:/大一/科研/AB/ABC.csv") head(ABC) dim(ABC) ABC_subset <- ABC[, sapply(ABC, is.numeric)] ABC_1 <- ABC[rowSums(ABC_subset) != 0, ] dim(ABC_1) group <- read_csv("D:/大一/科研/AB/group.csv") group colnames(ABC_1) == group$id library(DESeq2) ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) group$id<- as.factor(group$id) group$dex<- as.factor(group$dex) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) dds<-DESeq(dds) res<-results(dds) head(res) class(res) res_1<-data.frame(res) class(res_1) head(res_1) write.csv(res_1,file="D:/大一/科研/AB/final result.csv") colnames(ABC_1) == group$id [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE Warning message: In colnames(ABC_1) == group$id : longer object length is not a multiple of shorter object length > library(DESeq2) > ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) Warning message: In lapply(X = X, FUN = FUN, ...) : NAs introduced by coercion > group$id<- as.factor(group$id) > group$dex<- as.factor(group$dex) > dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) Error in DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex) : 不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE

根据错误信息，显示在创建`DESeqDataSet`对象时发生了错误。错误信息是"不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE"。

这意味着你的计数数据和元数据的列数不匹配。`countData`应该是一个矩阵或数据框，其中的列数应该与`colData`的行数相匹配。

为了解决这个问题，你需要检查一下`ABC_1`和`group`数据框的列数是否一致。确保它们具有相同的列数。

你可以使用以下代码检查列数：

ncol(ABC_1)
ncol(group)

如果它们的列数不一致，你需要确保它们具有相同的列数才能创建`DESeqDataSet`对象。

如果还有其他问题，请随时提问。

group <- read_csv("D:/大一/科研/AB/group.csv") group matching_columns <- colnames(ABC_1)[match(group$id, colnames(ABC_1))] library(DESeq2) dds<- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=matching_columns,design=~dex)

根据你提供的代码，你首先使用read_csv函数从文件路径"D:/大一/科研/AB/group.csv"中读取数据，并将结果存储在名为"group"的变量中。然后，你试图使用colnames函数和match函数来找到ABC_1数据框中与group$id匹配的列名。

接下来，你加载了DESeq2库，并尝试使用DESeqDataSetFromMatrix函数创建一个DESeqDataSet对象。

然而，请注意，在DESeqDataSetFromMatrix函数中，`countData`参数应该是一个表示基因计数数据的矩阵或数据框，而`colData`参数应该是一个数据框，其中包含与每个样本相关的注释信息。

根据你的代码，`ABC_1`似乎是你的基因计数数据，而`matching_columns`是你尝试传递给`colData`参数的内容。但是，`matching_columns`是一个包含与group$id匹配的列名的向量，而不是一个数据框。

为了解决这个问题，你应该创建一个包含与每个样本相关的注释信息的数据框，并将其传递给`colData`参数。假设你的注释信息存储在"group"数据框中的不同列中，你可以按照以下方式修改代码：

colData <- group[, c("id", "other_column1", "other_column2")]
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = colData, design = ~ dex)

在这里，我假设除了"id"列之外，你还有其他列包含样本的注释信息。你可以根据实际情况修改"other_column1"和"other_column2"来指定你的注释信息所在的列名。

请注意，确保注释信息的顺序与ABC_1数据框中的列顺序相匹配。

如果你还有其他问题，请随时提问。