tcga-nsclc数据集下载

### 下载 TCGA NSCLC 数据集

为了获取TCGA-NSCLC数据集，可以采用官方提供的GDC Data Transfer Tool来完成下载操作[^1]。

#### 准备工作
确保计算机已安装Java运行环境，因为Data Transfer Tool依赖于Java。访问链接https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool并依据指导说明安装适合操作系统版本的Data Transfer Tool客户端。

#### 获取所需文件列表
前往Genomic Data Commons (GDC)的数据门户页面，在线查询感兴趣的项目即TCGA-NSCLC，并通过筛选条件定位到具体样本或文件集合。保存所选项目的manifest清单文档至本地磁盘；此manifest文件包含了待下载文件的相关元数据信息以及校验码等重要参数。

#### 使用Data Transfer Tool执行批量下载任务
启动Data Transfer Tool应用程序之后，利用命令行输入如下指令实现自动化下载流程：

./gdc-client download -m manifest_file.txt

上述语句中的`manifest_file.txt`应替换为实际路径下的manifest文件名称。该过程会依照manifest内的指引自动检索、验证并传输指定资源直至本地存储位置。

相关问题

Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names' In addition: Warning message: non-unique values when setting 'row.names': ‘TCGA-44-2656’, ‘TCGA-44-2662’, ‘TCGA-44-2665’, ‘TCGA-44-2666’, ‘TCGA-44-2668’, ‘TCGA-44-3917’, ‘TCGA-44-3918’, ‘TCGA-44-4112’, ‘TCGA-44-5645’, ‘TCGA-44-6146’, ‘TCGA-44-6147’, ‘TCGA-44-6775’, ‘TCGA-50-5066’, ‘TCGA-50-5946’

这个错误通常发生在尝试为数据框设置重复的行名时。在R中，行名必须是唯一的。

根据您提供的错误消息，看起来您的数据框中有重复的行名。在数据处理的步骤中，您可以尝试使用`distinct()`函数来删除重复的行，例如：

# 数据处理
processed_data <- data %>%
  filter(column_name == "value") %>%
  distinct() %>%
  group_by(category) %>%
  summarise(mean_value = mean(value))

`distinct()`函数将删除重复的行，确保每个行名都是唯一的。然后，您可以继续进行后续的分组和汇总操作。

如果您需要保留重复的行，但仍想解决此错误，您可以使用`rownames()`函数为数据框设置唯一的行名，例如：

# 设置唯一行名
rownames(data) <- make.unique(rownames(data))

然后，您可以继续进行数据处理和可视化操作。请记住，在进行任何更改之前，最好备份原始数据以防止数据丢失。

TCGA-BP 、TCGA-CJ、TCGA-CW、TCGA-CZ、TCGA-DV、TCGA-G6编号意思

这些编号是TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目中用于标识不同癌症患者的样本编号。其中，TCGA-BP代表膀胱癌（Bladder Cancer）；TCGA-CJ代表乳腺癌（Breast Cancer）；TCGA-CW代表子宫内膜癌（Endometrial Cancer）；TCGA-CZ代表肾癌（Kidney Renal Clear Cell Carcinoma）；TCGA-DV代表肝癌（Liver Hepatocellular Carcinoma）；TCGA-G6代表神经母细胞瘤（Neuroblastoma）。这些编号通常用于在TCGA数据库中检索和下载与特定癌症相关的遗传数据。