下载适用于 Linux 的 SRA Toolkit并配置环境变量
时间: 2024-09-11 16:15:37 浏览: 22
要下载适用于 Linux 的 SRA Toolkit 并配置环境变量,可以按照以下步骤操作:
1. 下载 SRA Toolkit:
打开终端,使用 `wget` 命令下载 SRA Toolkit 的预编译二进制文件。例如,如果下载的是最新版本,可以使用以下命令:
```
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-xxxx-centos_linux64.tar.gz
```
其中 `xxxx` 是最新版本号,`centos_linux64` 表示适用于 64 位 CentOS Linux 系统的版本。如果您的系统是其他发行版或架构,请根据实际情况选择合适的版本。
2. 解压下载的文件:
使用 `tar` 命令解压下载的 tar.gz 文件:
```
tar -xzf sratoolkit.current-xxxx-centos_linux64.tar.gz
```
解压后会得到一个名为 `sratoolkit.current-xxxx-centos_linux64` 的目录。
3. 移动 SRA Toolkit 到指定目录:
为了方便管理和使用,通常会将 SRA Toolkit 安装到 `/opt` 或者其他系统路径下。使用 `mv` 命令将解压后的目录移动到目标路径:
```
sudo mv sratoolkit.current-xxxx-centos_linux64 /opt
```
4. 配置环境变量:
为了能够在任何位置使用 SRA Toolkit 的工具,需要将 SRA Toolkit 的 bin 目录添加到 PATH 环境变量中。编辑您的 shell 配置文件,如 `~/.bashrc` 或 `~/.bash_profile`(如果是使用 bash shell):
```
vi ~/.bashrc
```
在该文件末尾添加以下内容:
```
export PATH=/opt/sratoolkit.current-xxxx-centos_linux64/bin:$PATH
```
然后,保存并关闭文件,并使配置生效:
```
source ~/.bashrc
```
如果您使用的是其他 shell,比如 zsh,则需要编辑相应的配置文件,如 `~/.zshrc`。
5. 验证安装:
安装完成后,您可以通过运行以下命令来验证 SRA Toolkit 是否正确安装:
```
fasterq-dump --version
```
如果安装成功,该命令会显示 SRA Toolkit 的版本信息。