ubantu安装sratoolkit等相关chip-seq软件代码
时间: 2024-05-19 16:12:30 浏览: 173
ChIP-seq-analysis:明堂的ChIP-seq分析笔记
以下是在Ubuntu系统上安装sratoolkit和其他相关chip-seq软件的代码:
1. 安装sratoolkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install sratoolkit
2. 安装fastqc
sudo apt-get install fastqc
3. 安装bowtie2
sudo apt-get install bowtie2
4. 安装samtools
sudo apt-get install samtools
5. 安装bedtools
sudo apt-get install bedtools
6. 安装macs2
pip install macs2
7. 安装homer
sudo apt-get install homer
注意:在安装homer之前,需要添加HOMER的软件源。具体步骤可以参考HOMER官方网站的安装指南。
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