Linux prodigal

Linux下使用prodigal的步骤如下：

1. 首先，你可以在GitHub上下载prodigal的发布版本。根据你提供的引用，你可以在https://github.com/hyattpd/Prodigal/releases/tag/v2.6.3找到发布版本。根据你的操作系统选择相应的版本下载，有Windows、Linux和OS系统的版本可供选择。

2. 如果你使用的是Linux系统，在下载完成后，你需要解压下载的文件。

3. 解压完成后，使用终端进入解压后的文件夹，并执行make命令，这将编译prodigal。

4. 之后，你可以根据你的需求使用prodigal进行原核生物CDS的预测。根据你提供的引用，prodigal的命令格式为：
prodigal -i /your/inputpath/1234_genomic.fasta -g 11 -a /your/outputpath/1234_prodigal_protein.faa

其中，-i参数用于指定输入的核苷酸序列文件，-g参数用于指定密码子表（默认为11），-a参数用于指定输出的氨基酸序列文件。你可以根据你的实际情况修改输入路径和输出路径，同时保持文件名的一致性。

5. 如果你需要批量执行prodigal，可以编写一个脚本来自动处理多个文件。你提供的代码示例可以作为一个参考，它展示了如何使用Python编写一个处理多个物种的prodigal脚本。你可以根据自己的需求对代码进行修改和扩展。

总结起来，你可以通过下载和编译prodigal，然后使用命令行参数来指定输入和输出路径，以在Linux下使用prodigal进行原核生物CDS的预测。希望这些步骤对你有帮助。