[> a-read. table('PE. vcf', sep '‚header =F) > c<-separate (data = a, col = "VIO", sep = ":", into = c('ES", "SE", "LP", "AF", "SS", "ID") , remove = TRUE) > write. csv(C, file="ukb-d-I9_VTE. csv") Error in as. data. frame. default (x[ [i]], optional = TRUE) : cannot coerce class *"'function"' to a data. frame
时间: 2023-11-17 13:56:23 浏览: 36
这个错误通常表示您的代码中存在语法错误。在这段代码中,您在第一行中使用了一个点而不是逗号来分隔参数。此外,您在第二行中使用了`data = a`,但是在之前的代码中,您使用`a-read. table`而不是将其分配给变量`a`。您在第三行中使用了大小写不一致的变量`c`,并且在第四行中使用了大小写不一致的变量`C`。最后,这个错误提到了一个不能将函数强制转换为数据框的问题。请检查您的代码,并确保所有变量和函数都被正确命名和调用。如果您仍然无法解决问题,请提供更多的相关信息和代码细节,以便我可以更好地帮助您。
相关问题
gatk GenotypeGVCFs -R ref.fa -V chrx.merged.g.vcf.gz -O chrx.genotype.vcf.gz各个参数的意义,并举例
1. `-R ref.fa`:指定参考基因组文件,`ref.fa`是参考基因组文件的路径和文件名。
2. `-V chrx.merged.g.vcf.gz`:指定输入的GVCF文件,`chrx.merged.g.vcf.gz`是输入文件的路径和文件名。
3. `-O chrx.genotype.vcf.gz`:指定输出文件的路径和文件名,`chrx.genotype.vcf.gz`是输出文件的路径和文件名。
举例来说,假设我们有一个参考基因组文件`hg38.fa`,一个包含多个样本的GVCF文件`sample1.g.vcf.gz, sample2.g.vcf.gz, sample3.g.vcf.gz`,我们想要对这些样本进行基因型调用并输出到一个VCF文件中,我们可以使用以下命令:
```
gatk GenotypeGVCFs -R hg38.fa -V sample1.g.vcf.gz -V sample2.g.vcf.gz -V sample3.g.vcf.gz -O genotypes.vcf.gz
```
其中,`-R`指定参考基因组文件,`-V`指定输入的GVCF文件,可以在命令中使用多个`-V`参数来指定多个输入文件,最终的基因型调用结果将会输出到`genotypes.vcf.gz`文件中。
#2 gvcf文件按染色体合并 ls chrx.g.vcf.gz > chrx_gvcf.list gatk CombineGVCFs -R ref.fa -V chrx_gvcf.list -L X(染色体号) -O chrx.merged.g.vcf.gz 其中染色体号取什么值,请举例
在这个命令中,参数 -L 用于指定需要合并的染色体号,可以使用一个染色体号,也可以使用逗号分隔的多个染色体号。例如,如果需要合并 X 染色体和 Y 染色体的 gvcf 文件,可以将 -L 参数设置为 X,Y。如果只需要合并 X 染色体的 gvcf 文件,可以将 -L 参数设置为 X。
举一个具体的例子,假设我们有三个样本的 gvcf 文件,分别为 sample1.chrX.g.vcf.gz、sample2.chrX.g.vcf.gz 和 sample3.chrX.g.vcf.gz,需要将它们合并成一个文件。我们可以使用以下命令:
```
ls sample*.chrX.g.vcf.gz > chrX_gvcf.list
gatk CombineGVCFs -R ref.fa -V chrX_gvcf.list -L X -O chrX.merged.g.vcf.gz
```
其中,-L 参数的值为 X,表示只需要合并 X 染色体的 gvcf 文件。