getoption("repos")' replaces bioconductor standard repositories, see 'help(
时间: 2023-09-28 20:01:49 浏览: 146
getoption("repos")是一个用于查看和更改R中存储的repos选项的函数。repos选项是一个用于指定从哪些位置下载R包的参数。
当我们调用getoption("repos")时,返回的结果会显示目前被设置为默认的存储库。在Bioconductor中,默认的存储库包括Bioconductor主要存储库和CRAN存储库。
然而,调用getoption("repos")可以用来替代Bioconductor标准存储库。例如,我们可以通过更改repos选项来指定自定义的存储库。
如果我们想要了解有关如何更改repos选项的详细信息,我们可以使用help(getOption)函数来查看相关帮助文档。这将提供关于如何使用getOption函数以及repos选项的更多信息。
总结起来,getoption("repos")函数可以用来查看和更改R中的repos选项,它可以替代Bioconductor标准存储库,并通过使用帮助文档了解更多关于getOption函数和repos选项的详细信息。
相关问题
BiocManager::install("Rsubread") 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/ Bioconductor ve
ry often updates its packages and dependencies, so it is recommended to use the Bioconductor version of the package if available. You can install the Bioconductor version of Rsubread using the following command:
```{r}
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rsubread")
```
This will install the latest version of Rsubread from the Bioconductor repository. Make sure to check the Bioconductor website for any additional installation instructions or dependencies.
我在使用R语言做生信分析质控时遇到一些问题'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://cran.rstudio.com/ Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuGene-1_1-st-v1 Library - package hugene11stv1cdf not installed Bioconductor - hugene11stv1cdf not available
这个问题提示您的系统使用了非默认的Bioconductor软件包仓库,并且环境中缺少需要的CDF库。您可以按照错误信息中提到的建议来解决这个问题:使用 `BiocManager::repositories()` 命令查看当前的Bioconductor软件包仓库列表,确保其中包含 HuGene-1_1-st-v1 Library,如果没有,可以使用 `BiocManager::repositories(useLocal=FALSE)` 命令来恢复默认的仓库列表。同时,您还需要安装 hugene11stv1cdf 包,可以使用 `BiocManager::install("hugene11stv1cdf")` 命令来安装该软件包。如果您的R版本较老,也可能会导致这个问题,建议升级R到较新版本。
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