BiocManager::install("Rsubread") 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/ Bioconductor ve
时间: 2023-07-08 10:53:27 浏览: 52
ry often updates its packages and dependencies, so it is recommended to use the Bioconductor version of the package if available. You can install the Bioconductor version of Rsubread using the following command:
```{r}
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rsubread")
```
This will install the latest version of Rsubread from the Bioconductor repository. Make sure to check the Bioconductor website for any additional installation instructions or dependencies.
相关问题
BiocManager::install("Rsubread") 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/ Bioconductor ve解决办法
这段信息是R语言中安装Rsubread包时会出现的提示信息,它提醒你安装Rsubread包时会用到CRAN镜像和Bioconductor镜像,其中Bioconductor镜像是Rsubread包的默认安装源,但是这个命令会临时将Bioconductor镜像替换为CRAN镜像。如果你想使用默认的Bioconductor镜像,可以使用如下命令:
```{r}
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rsubread", ask = FALSE, site_repository = BiocManager::repositories())
```
这个命令中的`site_repository = BiocManager::repositories()`参数会将Bioconductor镜像设置为默认安装源。同时,`ask = FALSE`参数可以让安装过程不需要你确认。
getoption("repos")' replaces bioconductor standard repositories, see 'help(
getoption("repos")是一个用于查看和更改R中存储的repos选项的函数。repos选项是一个用于指定从哪些位置下载R包的参数。
当我们调用getoption("repos")时,返回的结果会显示目前被设置为默认的存储库。在Bioconductor中,默认的存储库包括Bioconductor主要存储库和CRAN存储库。
然而,调用getoption("repos")可以用来替代Bioconductor标准存储库。例如,我们可以通过更改repos选项来指定自定义的存储库。
如果我们想要了解有关如何更改repos选项的详细信息,我们可以使用help(getOption)函数来查看相关帮助文档。这将提供关于如何使用getOption函数以及repos选项的更多信息。
总结起来,getoption("repos")函数可以用来查看和更改R中的repos选项,它可以替代Bioconductor标准存储库,并通过使用帮助文档了解更多关于getOption函数和repos选项的详细信息。