trimgalore来clean reads

Trimmomatic 和 Cutadapt 是两个非常常用的工具来进行 reads 的质控和去除低质量序列。而 Trim Galore 是一个基于 Cutadapt 和 FastQC 的工具，它可以帮助用户快速地进行 reads 的质控和去除低质量序列。

使用 Trim Galore 进行 reads 的质控和去除低质量序列可以按照以下步骤进行：

1. 安装 Trim Galore：

   pip install cutadapt
   pip install fastqc
   pip install trim_galore

2. 运行 Trim Galore：

   trim_galore -q 30 --length 50 --paired input_R1.fastq input_R2.fastq -o output_dir/

上述命令将会去除 reads 中的低质量序列，同时保留 reads 的长度不低于 50bp，且保证每个 reads 的质量值不低于 30。参数 -o 指定了输出的目录。

3. 查看输出文件：

Trim Galore 输出的文件包括去除低质量序列后的 fastq 文件和 FastQC 的质量报告文件。可以使用 FastQC 工具对输出文件进行质量评估。

以上就是使用 Trim Galore 进行 reads 的质控和去除低质量序列的基本步骤。