diagnosis_id具体怎么看
时间: 2024-03-29 17:40:46 浏览: 16
在TCGA数据中,diagnosis_id通常是一个由数字和字母组成的编码,用于标识每个样本的肿瘤类型和分级。具体怎么看,可以通过以下步骤:
1. 登录TCGA官方网站(https://portal.gdc.cancer.gov/),选择“Data”和“Legacy Archive”进入TCGA数据存档页面。
2. 在左侧的“Projects”下拉列表中选择你需要的研究项目,如“TCGA-BRCA”代表乳腺癌项目。
3. 在右侧的“Files”页面中,选择“Clinical”和“BCR Clinical Supplement”打开临床信息文件夹。
4. 找到“diagnosis_id”列,查看具体的诊断编码。例如,“01”表示原发肿瘤,“02”表示继发肿瘤,“03”表示转移肿瘤,“06”表示白血病,“07”表示淋巴瘤等等。
5. 结合其他列的信息,如“age_at_diagnosis”(诊断时患者的年龄)、“gender”(患者的性别)等,可以更加准确地描述肿瘤的类型和性质。
需要注意的是,TCGA数据的临床信息文件夹中可能包含多个版本的数据,每个版本的文件名和内容可能会有所不同。在查看diagnosis_id时,应该选择最新和最全面的版本,以避免错误和不必要的麻烦。
相关问题
tcga中diagnosis_id代表什么
TCGA(The Cancer Genome Atlas)中的diagnosis_id代表病理诊断编号,是对参与研究的肿瘤样本进行分类的标识符。它是由TCGA病理学家通过病理分析和组织学检查来确定的,用于标识每个样本的肿瘤类型和分级。
TCGA的diagnosis_id是一个由数字和字母组成的编码,通常包括肿瘤类型、组织来源、性别、年龄等信息。例如,“01”表示原发肿瘤,“02”表示继发肿瘤,“03”表示转移肿瘤,“06”表示白血病,“07”表示淋巴瘤等等。同时,还会结合其他信息,如病人的性别和年龄,肿瘤的具体位置和大小等,来更加准确地描述肿瘤的类型和性质。
在TCGA数据分析中,diagnosis_id可以用于筛选和比较不同肿瘤类型和亚型之间的基因表达、突变、CNV等差异,为深入了解肿瘤发生和发展的机制提供了重要的线索。
mysql5.7的row_number函数
在MySQL 5.7版本中,没有内置的ROW_NUMBER函数的写法。如果你需要实现类似ROW_NUMBER功能,可以使用变量和子查询来实现。以下是一种实现方式:
```sql
CREATE TABLE TZ_DIAG_STAND
SELECT *
FROM (
SELECT
@RN := CASE WHEN @DIAGNOSIS_NAME = DIAGNOSIS_NAME THEN @RN + 1 ELSE 1 END AS RN,
@DIAGNOSIS_NAME := DIAGNOSIS_NAME AS DIAG_NAME,
MASTER_ID,
NUM
FROM (
SELECT
T1.DIAGNOSIS_NAME,
MASTER_ID,
COUNT(1) NUM
FROM (
SELECT MASTER_ID, DIAGNOSIS_NAME
FROM ICD_10
WHERE MASTER_ID IS NOT NULL AND DIAGNOSIS_NAME = '妊娠合并肠炎'
) T1
GROUP BY T1.DIAGNOSIS_NAME, MASTER_ID
ORDER BY DIAGNOSIS_NAME, NUM DESC
) A,
(SELECT @RN := 0, @DIAGNOSIS_NAME := 0) B
) A
WHERE RN = 1;
```
这个查询使用了变量@RN和@DIAGNOSIS_NAME来模拟ROW_NUMBER函数的功能,并在最外层的WHERE子句中选择RN等于1的记录。这样就可以获得诊断编码出现最多的记录。请注意,这只是一种实现方式,具体的查询语句可能会根据实际情况有所调整。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span>
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [MySQL5.7版本没有row_number函数的写法](https://blog.csdn.net/qq_43278973/article/details/120205035)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"]
[ .reference_list ]