python如果只知道数据集和已经计算好的马氏距离,如何将马氏距离对K-means聚类方法中计算欧式距离的部分进行改进,改进为使用马氏距离,并以此对函数型数据进行剧烈
时间: 2024-02-28 12:54:07 浏览: 74
在K-means聚类方法中,计算欧式距离是一个关键的步骤。如果我们已经计算好了数据集的马氏距离,那么我们可以使用这些距离来代替欧式距离,从而对K-means聚类方法进行改进。下面介绍一种基于马氏距离的K-means聚类方法:
1. 将数据集的马氏距离存储在一个矩阵中,假设这个矩阵为`M`,其中`M[i][j]`表示第`i`个样本和第`j`个样本之间的马氏距离。
2. 随机选择`k`个样本作为聚类中心,假设这些样本的下标为`c1, c2, ..., ck`。
3. 对于每个样本,计算它到各个聚类中心的马氏距离,找到距离最近的聚类中心,并将该样本分配给该聚类中心。
4. 对于每个聚类,重新计算它的聚类中心。具体地,对于聚类`j`,计算它包含的所有样本到聚类中心的马氏距离的平均值,将该平均值作为新的聚类中心。
5. 重复步骤3和步骤4,直到聚类中心不再发生变化或者达到最大迭代次数。
下面是一个基于马氏距离的K-means聚类方法的Python实现:
```python
import numpy as np
from scipy.spatial.distance import pdist, squareform
def mahalanobis_distance(X):
# 计算数据集X的马氏距离矩阵
X_centered = X - np.mean(X, axis=0)
cov = np.cov(X_centered, rowvar=False)
inv_cov = np.linalg.inv(cov)
dist = pdist(X_centered, metric='mahalanobis', VI=inv_cov)
return squareform(dist)
def kmeans(X, k, max_iter=100):
# 计算数据集X的马氏距离矩阵
M = mahalanobis_distance(X)
# 随机选择k个样本作为聚类中心
centers = X[np.random.choice(X.shape[0], k, replace=False)]
for i in range(max_iter):
# 分配样本到最近的聚类中心
labels = np.argmin(M[:, centers], axis=1)
# 更新聚类中心
for j in range(k):
centers[j] = np.mean(X[labels == j], axis=0)
# 计算新的马氏距离矩阵
M = mahalanobis_distance(X)
# 判断聚类中心是否发生变化
if np.allclose(centers, np.mean(X[labels], axis=0)):
break
return labels, centers
```
在上面的代码中,我们首先定义了一个`mahalanobis_distance`函数,该函数使用NumPy库计算数据集的马氏距离矩阵。然后定义了一个`kmeans`函数,该函数接受数据集`X`、聚类数`k`和最大迭代次数`max_iter`作为输入,实现了基于马氏距离的K-means聚类方法。在函数中,我们首先计算了数据集的马氏距离矩阵`M`,然后随机选择了`k`个样本作为聚类中心。在每次迭代中,我们将样本分配给最近的聚类中心,并重新计算聚类中心。如果聚类中心不再发生变化或者达到最大迭代次数,就停止迭代。最后,函数返回了每个样本的标签和聚类中心。
需要注意的是,由于马氏距离的计算比欧式距离更加复杂,因此基于马氏距离的K-means聚类方法的计算时间会更长。如果数据集较大,建议使用一些加速技术,如Mini Batch K-means。
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