请用中文解释def optaa(self, aa): codons = list(self.codonprob[aa].keys()) newcodon = "" while not newcodon: if len(codons) == 1: newcodon = codons[0] else: probs = np.array([self.codonprob[aa][c][0] for c in codons]) probs = probs / np.sum(probs) action = np.random.choice(codons, p=probs) if self.codonprob[aa][action][1] == True: newcodon = action elif self.codonprob[aa][action][1] == False: codons.remove(action) else: if np.random.uniform() <= 0.5: newcodon = action else: codons.remove(action) return newcodon,self.sequence = sequence.upper()
时间: 2024-03-15 22:41:35 浏览: 193
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这段代码是一个名为 "optaa" 的函数。它有两个参数:self 和 aa。self 是类的实例,而 aa 是代表氨基酸的字符串。
函数的主要作用是根据存储在 "codonprob" 字典中的概率,生成一个新的密码子。函数首先从 "codonprob" 字典中获取所有可能的密码子列表,然后根据每个密码子的概率进行选择。
如果只有一个可能的密码子,则直接选择该密码子。否则,通过使用与每个密码子相关的概率创建一个概率数组。概率归一化以使它们总和为1。然后,根据概率随机选择一个新的密码子。
如果在 "codonprob" 字典中对所选密码子进行标记为 True,则直接返回该密码子。如果标记为 False,则从可能的密码子列表中删除该密码子并重新选择。如果未标记为 True 或 False,则有50%的几率返回该密码子,有50%的几率将其从可能的密码子列表中删除。
最后,函数返回新的密码子。另外,你在代码块的结尾添加了一行代码 "self.sequence = sequence.upper()",但这似乎是一个不完整的代码行,与函数本身无关。
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