请用中文解释def optaa(self, aa): codons = list(self.codonprob[aa].keys()) newcodon = "" while not newcodon: if len(codons) == 1: newcodon = codons[0] else: probs = np.array([self.codonprob[aa][c][0] for c in codons]) probs = probs / np.sum(probs) action = np.random.choice(codons, p=probs) if self.codonprob[aa][action][1] == True: newcodon = action elif self.codonprob[aa][action][1] == False: codons.remove(action) else: if np.random.uniform() <= 0.5: newcodon = action else: codons.remove(action) return newcodon,self.sequence = sequence.upper()
时间: 2024-03-15 22:41:35 浏览: 184
这段代码是一个名为 "optaa" 的函数。它有两个参数:self 和 aa。self 是类的实例,而 aa 是代表氨基酸的字符串。
函数的主要作用是根据存储在 "codonprob" 字典中的概率,生成一个新的密码子。函数首先从 "codonprob" 字典中获取所有可能的密码子列表,然后根据每个密码子的概率进行选择。
如果只有一个可能的密码子,则直接选择该密码子。否则,通过使用与每个密码子相关的概率创建一个概率数组。概率归一化以使它们总和为1。然后,根据概率随机选择一个新的密码子。
如果在 "codonprob" 字典中对所选密码子进行标记为 True,则直接返回该密码子。如果标记为 False,则从可能的密码子列表中删除该密码子并重新选择。如果未标记为 True 或 False,则有50%的几率返回该密码子,有50%的几率将其从可能的密码子列表中删除。
最后,函数返回新的密码子。另外,你在代码块的结尾添加了一行代码 "self.sequence = sequence.upper()",但这似乎是一个不完整的代码行,与函数本身无关。
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codons = list(self.codonprob[aa].keys())
这行代码的作用是根据给定的氨基酸aa,从TissueOptimizer类中的codonprob字典中获取对应氨基酸的密码子概率分布,并将其所有的键(即密码子)存储在一个列表codons中。
具体来说,self.codonprob[aa]获取了codonprob字典中对应aa氨基酸的子字典,即存储了该氨基酸对应的所有密码子及其出现概率。然后,.keys()方法获取了该子字典的所有键(即密码子),并将其转换成一个列表存储在codons中。这样,我们就可以在后续的操作中方便地遍历该氨基酸对应的所有密码子。
if any(codon_weights.loc[self.tissue, aa_codons]): weight_bkg = codon_weights.loc[self.tissue, aa_codons].mean() codweights = {c: codon_weights.loc[self.tissue, c] + weight_bkg for c in aa_codons} else: codweights = {c: codon_weights.loc[self.tissue, c] for c in aa_codons}
这段代码主要是为了计算不同氨基酸对应的密码子权重。具体来说,它使用了一个名为 "codon_weights" 的数据框来获取与氨基酸相关的密码子权重,并根据组织类型 "self.tissue" 来选择相应的行。然后,它使用一个名为 "aa_codons" 的字典来存储每个氨基酸对应的密码子列表。接着,它使用 "any" 函数来判断这些列表中是否有至少一个元素,在 "codon_weights" 数据框中存在对应的权重值。如果存在,则计算这些密码子的平均权重,并将平均权重加到每个密码子的权重值中,得到一个新的字典 "codweights"。如果不存在,则直接将每个密码子的权重值存储到 "codweights" 中。
总的来说,这段代码的作用是为了获取每个氨基酸对应的密码子权重,并将其存储到一个字典中,以便后续的处理和分析。
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