在使用plink时出现Segmentation fault (core dumped)
时间: 2023-11-06 09:57:07 浏览: 99
关于出现 "Segmentation fault (core dumped)" 错误的问题,这通常是由于程序访问了无效的内存地址或者发生了内存段错误所致。这种错误可能是由于程序中存在缺陷或者不正确的使用导致的。
要解决这个问题,您可以尝试以下几个步骤:
1. 检查plink命令的语法和参数是否正确。确保您使用的命令和选项是有效的,并且没有拼写错误或者语法错误。
2. 检查您的系统是否具有足够的内存来运行plink命令。如果系统内存不足,可能会导致内存访问错误。您可以尝试释放一些内存或增加系统的物理内存。
3. 确认您正在运行的是最新版本的plink。有时旧版本的软件可能存在已知的错误或问题,通过升级到最新版本可能会解决问题。
4. 如果问题仍然存在,您可以尝试使用调试工具来分析和定位问题。例如,您可以使用gdb(GNU调试器)来跟踪程序的执行并查找导致错误的代码位置。通过分析核心转储文件,您可能能够确定具体导致错误的原因。
相关问题
如何在Linux系统下使用plink软件详细步骤
1. 下载plink软件
plink是PuTTY软件的一部分,如果你已经安装了PuTTY软件,则不需要再下载plink软件。如果还没有下载,请到PuTTY的官网下载。
2. 打开终端
打开终端,也就是命令行界面。
3. 进入plink所在的目录
如果plink已经在系统的PATH环境变量中,那么可以直接在终端输入plink命令。如果没有添加到PATH环境变量中,则需要进入plink所在的目录,一般默认在PuTTY的安装目录下的plink.exe文件。
可以使用cd命令进入目录:
```
cd /path/to/PuTTY/directory
```
4. 使用plink连接远程主机
在终端输入以下命令,连接远程主机:
```
plink username@hostname -pw password
```
其中,username是你的用户名,hostname是远程主机的主机名或IP地址,password是你的密码。如果你使用的是公钥登录,可以不输入密码。
例如:
```
plink bob@192.168.1.100 -pw pass
```
这样就可以连接到用户名为bob,IP地址为192.168.1.100的远程主机。
5. 使用plink执行远程命令
连接成功后,可以在终端中输入远程命令,例如:
```
ls
```
这样就会显示远程主机的目录列表。
6. 关闭连接
输入exit命令,可以关闭连接:
```
exit
```
这样就可以断开连接,回到本地终端。
在Linux系统下,使用plink软件进行ROH检测
ROH(Runs of Homozygosity)是指基因组中多个连续位点上的等位基因均相同的区域。ROH检测可以用于研究种群遗传学、人类遗传疾病等方面。
在Linux系统下,可以使用plink软件进行ROH检测。具体步骤如下:
1. 安装plink软件
可以通过以下命令安装plink:
```
sudo apt-get install plink
```
2. 准备数据文件
准备包含SNP位点信息的数据文件,格式为PED/MAP或BED格式。
3. 运行plink
可以通过以下命令运行plink:
```
plink --file <filename> --homozyg --homozyg-window-het 1 --homozyg-window-snp 50 --homozyg-kb 100 --out <outputfilename>
```
其中,<filename>为数据文件名,<outputfilename>为输出文件名。--homozyg表示进行ROH检测,--homozyg-window-het、--homozyg-window-snp和--homozyg-kb用于设置ROH检测的参数。
4. 分析结果
plink输出的结果包括ROH区域的起始位置、终止位置、长度、SNP数目等信息。根据这些信息可以进行后续的分析。
注意事项:
1. plink需要输入文件名的完整路径,而不是相对路径。
2. 可以通过--homozyg-threshold参数设置ROH的最小长度,以过滤掉较短的ROH区域。
3. 可以通过--homozyg-snp参数设置ROH中最小的SNP数目,以过滤掉长度虽然较长但SNP数目较少的ROH区域。
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