在Linux系统下，使用plink软件做ROH分析

1. 安装plink软件

首先需要下载plink软件的安装包，可以从官方网站下载：https://www.cog-genomics.org/plink2

下载完成后，解压安装包并在终端中进入解压后的文件夹。然后执行以下命令进行安装：

sudo ./install

2. 准备数据

在进行ROH分析之前，需要准备好以下数据：

- 样本基因型数据
- 参考基因型数据
- 样本的人口学信息

这些数据可以是VCF格式的文件，也可以是PLINK格式的文件。需要注意的是，样本基因型数据和参考基因型数据需要在同一个基因组版本下。

3. 运行plink软件进行ROH分析

进入plink软件的命令行界面，执行以下命令进行ROH分析：

plink --bfile sample --ref-allele reference --homozyg --homozyg-density 50 --homozyg-gap 1000 --homozyg-window-het 1 --homozyg-window-missing 5 --homozyg-window-snp 50 --out result

其中，`--bfile`参数指定样本基因型数据的文件名前缀，`--ref-allele`参数指定参考基因型数据的文件名前缀。`--homozyg`参数表示进行ROH分析，`--homozyg-density`参数指定ROH的密度，即ROH的长度与SNP数目的比率。`--homozyg-gap`参数指定两个ROH之间的最大间隔距离。`--homozyg-window-het`，`--homozyg-window-missing`和`--homozyg-window-snp`参数分别指定ROH的三个窗口大小。

执行完上述命令后，会生成一个名为`result.hom`的文件，其中包含了每个样本的ROH信息。

4. 解析ROH结果

可以使用R或其他数据分析软件对ROH结果进行进一步分析和可视化。例如，可以计算每个样本的ROH长度和ROH数目，比较不同群体之间的ROH情况等。