如何用python将NCBI中的ACCESSION转换为序列

在Python中，你可以使用`BioPython`库来获取NCBI (National Center for Biotechnology Information) 的基因序列，包括通过ACCESSION号。首先，你需要安装`BioPython`，可以使用pip命令：

pip install biopython

然后，你可以使用`Entrez.efetch`函数来下载序列数据。以下是一个简单的示例，说明如何将一个NCBI accession号转换为序列：

from Bio import Entrez

def get_sequence_by_accession(accession_number):
    Entrez.email = "your_email@example.com"  # 请替换为你的实际邮箱地址
    handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=accession_number, rettype="fasta")
    record = SeqIO.read(handle, "fasta")  # 使用SeqIO模块读取Fasta格式的数据
    sequence = str(record.seq)
    return sequence

# 使用你的Accession号替换下面这行
accession = "NM_001100649.1"  # 这是一个例子，替换成实际的Accession号
sequence = get_sequence_by_accession(accession)

print(f"The sequence for {accession} is:")
print(sequence)