如何利用STRING数据库和Cytoscape软件进行基因共表达分析，并绘制出互作网络图？

在生物信息学研究中，理解和分析基因共表达模式对于揭示蛋白质之间的相互作用至关重要。为了帮助你更好地进行基因共表达分析并绘制互作网络图，我推荐你使用《STRING数据库与Cytoscape在蛋白互作分析中的应用教程》。这份资料详细介绍了利用STRING数据库进行蛋白质互作预测的步骤，以及如何通过Cytoscape软件绘制基因蛋白互作关系图，它将直接关联到你当前的问题。

参考资源链接：[STRING数据库与Cytoscape在蛋白互作分析中的应用教程](https://wenku.csdn.net/doc/765v70r132?spm=1055.2569.3001.10343)

首先，你需要访问STRING数据库官网，并通过输入目标基因的Ensembl ID来查询蛋白质之间的相互作用信息。 STRING数据库会根据提供的信息，使用其打分机制，评估各个蛋白质相互作用的可信度，并为每一对蛋白质互作关系赋予一个综合得分。

在得到 STRING 数据库的蛋白质互作关系数据后，你可以选择下载格式为“Text Summary”的文件。随后，使用 Cytoscape 软件，你可以将下载的文本数据导入并创建网络图。在 Cytoscape 中，你可以设置节点和边的样式，例如不同的颜色和粗细，来表示蛋白质及其互作关系。这个网络图将直观地展示出基因共表达的模式和蛋白质之间的联系。

为了深入理解每个蛋白质节点的基因注释信息和整个网络图的生物学意义，你可以参考《STRING数据库与Cytoscape在蛋白互作分析中的应用教程》中的详细教程和建议，这样你不仅能绘制出互作网络图，还能进一步分析和解释你的结果。

参考资源链接：[STRING数据库与Cytoscape在蛋白互作分析中的应用教程](https://wenku.csdn.net/doc/765v70r132?spm=1055.2569.3001.10343)