如何去除bam 文件中的pcr 重复
时间: 2024-05-15 15:16:01 浏览: 14
PCRs (聚合酶链式反应) 重复可以通过多种方法去除,以下是一些常用的方法:
1. Picard 工具
Picard 是一个 Java 工具包,可用于处理 BAM 文件。其中,MarkDuplicates 工具可以检测和去除 PCR 重复。该工具可以标记 PCR 重复的序列,也可以将它们从 BAM 文件中删除。
安装 Picard 工具:
```
conda install -c bioconda picard
```
使用 MarkDuplicates 工具:
```
picard MarkDuplicates \
I=input.bam \
O=output.bam \
M=metrics.txt \
REMOVE_DUPLICATES=true
```
2. SAMtools 工具
SAMtools 是一个流行的工具包,用于处理 SAM 和 BAM 文件。其中,rmdup 命令可以检测和去除 PCR 重复。
安装 SAMtools 工具:
```
conda install -c bioconda samtools
```
使用 rmdup 命令:
```
samtools rmdup input.bam output.bam
```
3. GATK 工具
GATK (基因组分析工具包) 是一个广泛使用的工具包,用于变异检测和基因组分析。其中,MarkDuplicates 工具可以检测和去除 PCR 重复。
安装 GATK 工具:
```
conda install -c bioconda gatk4
```
使用 MarkDuplicates 工具:
```
gatk MarkDuplicatesSpark \
-I input.bam \
-O output.bam \
--remove-sequencing-duplicates \
--metrics-file metrics.txt
```
以上是一些常用的方法,可以根据实际需求选择适合的工具和方法。