①LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 ②请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D单通道的png格式标签。并将其裁剪为单个肝脏区域。同时,移除标签中无肝脏的图片以及肝脏在图片中面积占比小于2%的切片。 ③LiTS2017数据集的路径为E:\LiTS2017。保存路径为E:\2D-LiTS2017,帮我创建保存图像与标签的文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。

时间: 2024-02-20 14:59:25 浏览: 18
好的,我明白了您的要求。基于您的要求,需要使用Python和一些图像处理库来完成数据集的处理。以下是处理过程: 1. 导入必要的库 我们需要使用nibabel库来读取.nii文件,使用numpy库来处理图像数据,使用PIL库来保存png格式图像。 ```python import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image ``` 2. 定义函数 接下来,我们定义一些函数来完成数据集的处理。其中,`load_nii`函数用来读取.nii文件,`save_png`函数用来保存png格式图像,`crop_liver`函数用来裁剪肝脏区域。 ```python def load_nii(filename): """Load nii file and return data""" img = nib.load(filename) data = img.get_fdata() return data def save_png(data, filename): """Save data as png format""" im = Image.fromarray(data.astype(np.uint8)) im.save(filename) def crop_liver(image, label): """Crop liver region and remove bad slices""" # Thresholding mask = label > 0 # Get bounding box z, y, x = np.nonzero(mask) zmin, zmax = z.min(), z.max() ymin, ymax = y.min(), y.max() xmin, xmax = x.min(), x.max() # Crop image and label image = image[zmin:zmax+1, ymin:ymax+1, xmin:xmax+1] label = label[zmin:zmax+1, ymin:ymax+1, xmin:xmax+1] # Remove bad slices areas = np.sum(label, axis=(1, 2)) good_slices = np.where(areas > np.prod(label.shape[1:]) * 0.02)[0] image = image[good_slices] label = label[good_slices] return image, label ``` 3. 处理数据集 接下来,我们遍历数据集中的所有.nii文件,将其转换为2D、RGB三通道的png格式图像和2D单通道的png格式标签,并将其保存到对应的文件夹中。 ```python # 数据集路径 data_dir = 'E:/LiTS2017' # 保存路径 save_dir = 'E:/2D-LiTS2017' # 创建保存图像和标签的文件夹 os.makedirs(os.path.join(save_dir, 'image'), exist_ok=True) os.makedirs(os.path.join(save_dir, 'mask'), exist_ok=True) # 遍历数据集 for i in range(131): # 读取图像和标签 image_file = os.path.join(data_dir, 'training', 'volume-%03d.nii' % i) label_file = os.path.join(data_dir, 'training', 'segmentation-%03d.nii' % i) image_data = load_nii(image_file) label_data = load_nii(label_file) # 裁剪肝脏区域 image_data, label_data = crop_liver(image_data, label_data) # 将图像转换为2D、RGB三通道的png格式图像 image_data = image_data.transpose(1, 2, 0) image_data = np.stack((image_data,) * 3, axis=-1) # 将标签转换为2D单通道的png格式标签 label_data = label_data.transpose(1, 2, 0) # 保存图像和标签 for j in range(image_data.shape[2]): image_filename = os.path.join(save_dir, 'image', '%03d_%03d.png' % (i, j)) label_filename = os.path.join(save_dir, 'mask', '%03d_%03d.png' % (i, j)) save_png(image_data[:, :, j], image_filename) save_png(label_data[:, :, j], label_filename) ``` 以上就是处理数据集的完整代码。请将以上代码保存为一个.py文件,并在命令行中运行即可。

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