jellyfish参数

Jellyfish是一款计数DNA的k-mers的软件，它使用Hash表来存储数据，并支持多线程运行，速度快，内存消耗小。\[3\]在使用Jellyfish时，可以使用以下参数进行操作：
- count：用于计数k-mers的出现次数。可以使用-t参数指定线程数，-C参数表示计数互补链的k-mers，-m参数指定k-mer的长度，-o参数指定输出文件名，-s参数指定内存限制。\[2\]
- histo：用于生成k-mer的频率直方图。可以使用-t参数指定线程数，-o参数指定输出文件名。\[2\]

例如，使用以下命令计数19-mer的出现次数：

./jellyfish-2.3.0/bin/jellyfish count -t 8 -C -m 19 -o 19mer_out -s 16G YS_R1.fq YS_R2.fq

使用以下命令生成19-mer的频率直方图：

./jellyfish-2.3.0/bin/jellyfish histo -o 19mer_out.histo 19mer_out

请注意，具体的参数设置可能会根据实际需求而有所不同。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [jellyfish的安装和使用](https://blog.csdn.net/fhqdddddd/article/details/123847886)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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